服务器安装新版本R及Seurat方法

Question

如题所述

Answer 1

Seurat需要很多新的依赖包，否则会安装失败。服务器为CentOS版本。

目前报错的，未完成安装的依赖包有：httr,leiden,plotly,reticulate,SeuratObject.

目前已更新的依赖包包括：

openssl：sudo yum install openssl openssl-devel。更新后可以完成安装httr包。

gcc+版本（本步骤目的为安装RcppTOML）：

首先安装：sudo yum install centos-release-scl scl-utils-build -y

之后运行：sudo yum list all --enablerepo='centos-sclo-rh' | grep "devtoolset-"，查看可用的版本。查看到最新版本为9

之后运行：sudo yum install devtoolset-9-toolchain -y，完成安装

启动：sudo scl enable devtoolset-9 bash（永久启动：echo "source /opt/rh/devtoolset-8/enable" >>/etc/profile，但是没有权限）

这样之后，在启动了devtoolset9的情况下，RcppTOML终于装上了！

geos(for rgeos)安装：sudo yum install geos geos-devel

这些都搞完后，最后成功安装了Seurat。