陈圆圆的真实历史结局是因病去世。
陈圆圆（1623―1689，一说1695），原姓邢，名沅，字圆圆，又字畹芳。年幼时父母双亡，由姨妈收养，姨夫姓陈，故改姓陈，居苏州桃花坞。隶籍梨园，为吴中名伶，明代歌妓，是“秦淮八艳”之一。崇祯末年被田畹所掳，后被转送吴三桂为妾。
晚年生活：
吴三桂的谋反企图，曾令陈圆圆非常反感，而陈圆圆的藏身问题在吴三桂起兵之前就已经被提出来了。她表示：“我的安全无所谓，但要把‘根根’保住。”这个“根根”指的是吴启华，也就是从小养在吴三桂兄弟吴三凤身边的吴三桂的另一个儿子吴应麒。
吴应麒自小称呼吴三凤为父亲，故而其一直不在清朝廷的视野之中。吴应麒九岁被接至王府，应该就养在陈圆圆身边，二人状如母子，关系极为亲密。吴三桂去世后，陈圆圆对小朝廷很是失望，于是与吴应麒和大将马宝商量，要找个安全的地方保护“根根”。
陈圆圆决定偕吴三桂小儿子吴应麒等秘密离开云南，潜入岺巩县的密林山洞，临走时密语庵内亲信，待清兵来攻打时，便将她的衣物头饰投之莲花池中，对外宣称自杀。
陈圆圆由马宝护送，先到龙鳌河搭茅洞，那里地势险要，前面是百米高的悬崖，后面是深山老林。后因山上野兽多，粮食不得收，陈圆圆带着家人先后住过前屋场田、老屋场等几个地方。
陈圆圆生前思念吴三桂以致形神交瘁，又时常操劳家人安危，致使患了一种头痛病，痛得严重时会昏死过去，不省人事。病到后来发作越来越频繁。康熙二十八年八月的一天，陈圆圆在念诵佛经中倒地，再也没有醒来。
后世纪念：
画像碑：
陈圆圆画像碑最早立于莲花池老铁路旁，日晒雨淋久经沧桑，其后曾一度消失于市井。1982年首次文物普查时，文物工作者在昆明市消防器材厂某车间找到了失落的画像碑，并由五华区文化馆存放于东寺街西寺塔的文化园内。
陈圆圆墓：
陈圆圆的墓碑阴刻铭文为：“故先妣吴门聂氏之墓位席”，年代标明为“皇清雍正六年岁次戊申仲冬月吉日”，并书明立碑者众人。“先妣”指最先来这里开发繁衍的老祖太婆；“吴门”是借用苏州的别称，暗指陈圆圆籍贯为苏州；“聂氏”代表陈圆圆有两个姓。
陈圆圆六岁以前姓邢，六岁父母双亡，她姨夫把她养大的，所以随姨夫姓陈，那么邢、陈二姓都有一个耳刀旁，还是一左一右的耳，所以“聂”字代表陈圆圆的这两个姓。
碑文中只有“聂”字一个简体字，“双”字的繁字体上半部分可看做是“佳佳”二字，“佳佳”意为“最好”，引申义为“花好月圆”，也即“圆圆”之意。“位席”是说陈圆圆是王妃，“位席”是对王妃死后的一种敬称。
以上内容参考：百度百科-陈圆圆