内蒙古自治区境内的铁路线路由铁道部下属的三个铁路局管辖。
1.哈尔滨铁路局
管辖部分：呼伦贝尔市全境。
铁路线路：干线2条：滨洲线（哈尔滨—满洲里）、牙林线（牙克石—满归）。
支线7条：博林线（博克图—塔尔气）、伊加线（伊图里河—加格达奇）、伊敏线（海拉尔东—伊敏）、朝乌线（朝中—莫尔道嘎）、伊阿线（伊敏—伊尔灺）、阿扎线（阿荣旗—扎兰屯）。
铁路单位：哈尔滨铁路局海拉尔铁路办事处。
2.沈阳铁路局
管辖部分：兴安盟全境、通辽市全境、赤峰市南部。
铁路线路：干线4条：平齐线（四平—齐齐哈尔）、京通线（北京北—通辽西）、通霍线（通辽北—霍林郭勒）、大郑线（大虎山—郑家屯）。
支线6条：通让线（通辽东—让湖路）、叶赤线（叶柏寿—赤峰）、赤锦线（赤峰—锦州）、赤大白线（赤峰—大板—白音华）、珠珠线（珠斯花—贺斯格乌拉）、霍白线（霍林郭勒—白音华）。
铁路单位：沈阳铁路局通辽铁路办事处。
3.呼和浩特铁路局
管辖部分：内蒙古自治区中西部地区：呼和浩特市、包头市、乌海市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、乌兰察布市、阿拉善盟、锡林郭勒盟、赤峰市北部。
铁路线路：干线7条：京包线（北京北—包头）、包兰线（包头西—兰州东）、集二线（集宁—二连浩特）、集通线（集宁—通辽北）、包西线（包头—西安）、集张线（集宁南—张家口南）、集包线（集宁南—包头）。
支线8条（含一条环线）：包白线、包石线、包环线、乌吉线、海公线、郭查线、包神线、临策线。
高铁1条（在建，截至2012年）：张呼客运专线、呼（和浩特）准（格尔）鄂（尔多斯）铁路。 内蒙古现有呼和浩特白塔机场，包头二里半机场，乌海机场，鄂尔多斯机场，乌兰浩特机场，赤峰玉龙机场，通辽机场，锡林浩特机场，海拉尔东山机场、满洲里西郊机场等几大机场，正在建设巴彦淖尔等机场。
经过50多年的发展建设，内蒙古机场集团所辖各机场基础设施条件得到较大改善，综合保障能力和服务水平有了长足进步，大部分机场达到4C级以上标准，其中呼和浩特机场飞行区等级达到4E级，包头、呼伦贝尔、锡林浩特机场达到4D级。
2010年，内蒙古机场集团共运营航线141条（国际航线8条，地区航线1条），通航城市55个，保证运输飞行7.9万架次，参与运营的航空公司24家（外航4家）。
