母公司和子公司不像总公司和分公司那样，它们各自具有独立的法人资格，所以母公司向子公司转移资产，不能采用内部调拨的方式。
项目一期为母公司A公司所有，项目二期为子公司B公司所有，为了便于管理，将A公司的项目一期剥离出来与B公司的项目二期合并。如何操作?不知题主所说的项目是房地产项目还是建筑施工项目。
一、如为建筑施工项目则操作起来简单一些，即将A公司的建筑施工合同变更为B公司。
二、如为房地产开发项目则难度较大，代价较大，因为涉及到土地使用权转让(如已建部分房屋还涉及到房产转让等)，以及由此产生的相关税费等问题。
因此，笔者认为，如为房地产开发项目，宜采用托管的形式，即A公司的一期项目全权委托给B公司负责开发管理，这样可以与B公司的二期项目一起统一管理，统筹安排，从而减少项目管理费用，节约开发成本，同时，也避免了因土地转让而缴纳的相关税费。