没有区别，这是两个不同概念。日本机芯是产地，石英机芯是以石英晶振为计时原理的工作方式，两者不是同类概念。要说有联系的话，就是日本机芯几乎都是石英机芯。
日本机芯是日本企业产的机芯，例如seikocasiocitizen这些牌子的机芯，其中有机械机芯也有石英机芯
石英机芯是机芯的一个大类，基于电能驱动（包括电池，seiko的人工动能、citizencasio的太阳能等等）提供的电力使石英产生振荡，透过IC板计算并控制步进马达使其推动轮系并转动指针的原理进行走时的机芯。
石英机芯石英表允许的误差范围为±15秒/月。石英表的走时由电池能源驱动，一般电池寿命是根据手表所采用的机芯而定从12至24个月不等。
石英表根据采用的机芯和使用情况不同，电池寿命为1-2年不等。
高档三针石英表都有电池将耗尽提示功能，秒针跳动异常，即每四秒一跳，则提醒您需及时更换电池，若不及时更换电池，可能会造成电池漏液并损坏手表内部零件。
有的顾客拥有数块手表，平时不戴时为了省电拔出表冠使手表停走，表面看表停走了，其实电池仍在继续放电，如不及时更换，会造成电池的过度放电，使电池漏液，同样会腐蚀机芯，造成的维修费用远远超过更换电池费用。
机芯是使手表运转的零件的统称，机芯的精确度决定着手表的价格。
在手表构成中发挥着“心脏”功能的机芯主要分为石英机芯、手动机械机芯和自动机械机芯三种。
石英机芯靠电池驱动，手动机械机芯和自动机械机芯靠弹簧发条恭驱动。
手动框框机芯和自动机械机芯两者的区别在于动力来源的方式有异。手上链是靠手动上链。
自动上链是指用机芯底部的自动盘左右摆动而产生的动力来驱动发条产生能源。
机械表不仅价格昂贵，在走时的准确度上较之电子石英表也存在一定的差距，尽管如此，人们依然选择它的理由主要用于高级钟表的机芯是一种象征和高度精确技术的体现。
瑞士钟表工匠制作一块表需要一个月的时间。对于购买机械手表的人来说，挑选机芯是一件非常重要的事情。世界上直接生产机芯的公司有江诗.丹顿、ZENITH、PIAJET、日本精工等。