北京未来科技城的诞生源于中央的深远战略考量，肩负着推动国家科技进步和实现跨越发展的重任。在2008年8月1日，中央组织部对神华集团关于设立北京低碳能源研究所的提议给予了积极回应，表示支持以大型国企为依托，借鉴生命所模式，吸引全球顶尖科技人才的设想。
同年12月，中央政治局常委会议批准了海外高层次人才引进计划，旨在在全国范围内的中央企业、高校和科研机构以及特定高新技术开发区设立40-50个海外人才创新创业基地，强化产学研合作，尝试实施国际通行的科研和创新机制，集聚全球优秀人才和团队，这就是著名的“千人计划”。
为了深入实施建设创新型国家的战略部署，加快引进海外高层次人才，强化科技创新，以及推动大型企业集团迈向世界领先水平，中央组织部和国务院国资委决定联合15家中央企业，包括神华集团、中国海油等，共同创建未来科技城。其中，北区接纳了6家央企，南区则入驻了9家，其科研方向聚焦于新能源、新材料、节能环保、新一代信息技术等战略性新兴产业的关键领域，旨在推动国家的科技发展和产业升级。
北京未来科技城开发建设有限公司是于2009年8月组建，隶属于北京市昌平区委，具体负责未来科技城规划范围土地开发和后期运营管理的国有企业，注册资本金4亿元。