甘南县环境保护和城市管理行政执法局的主要职责包括:
执行国家和省关于环境保护和城市管理的方针、政策和法规，制定并实施本地区的中长期规划和年度计划，涉及环境保护和市容环境卫生管理。
负责全县环境保护的统一监督和管理，执行环保法规，进行行政强制、行政处罚、行政复议和应诉工作。
处理重大环境问题，协调跨区域污染纠纷，监督流域和区域的污染防治工作，参与重特大污染事故的调查和应急处理。
确保国家和省、市的减排目标实现，监督主要污染物排放控制和排污许可证制度，实施环境保护目标责任制和总量减排考核。
提出环境保护领域的投资建议，审批固定资产投资项目，管理排污费和环保专项资金。
从源头上预防和控制环境污染，审查发展规划的环境影响评价，负责环境污染防治的监督管理。
负责空气、水、土壤、噪声、废物及有毒化学品等污染防治，指导城镇和农村环境整治，实施环境管理制度，如排污申报、排污收费等。
指导生态保护工作，监督自然资源开发利用和生态恢复，管理各类自然保护区和风景名胜区的环境保护。
协助上级部门管理辐射环境和放射性废物，监督相关污染防治。
负责环境监测、统计、信息工作，发布环境质量报告和公报，推广环保新技术和产品，推动环保产业发展。
开展对外环保交流与合作，组织环保项目引进。
负责市容环境卫生和城市规划区内的建设规划监察、市政设施、道路管理的行政处罚权。
协调其他部门行使绿化管理、工商行政管理、交通管理等领域的行政处罚权。
审批和管理庆典活动占用道路、广告标志设置以及城市美化设施。
该局还负责完成县委、县政府分配的其他相关任务。