1. 办公室：负责日常政务处理，文件起草和审核，会议组织、秘书事务、文电管理等，以及政务信息、档案、工作监督、办公自动化、网站管理、信访、提案办理、保密、安全、卫生、税收宣传等工作。还负责行政岗位职责操作规范化管理，制定内部工作规则，采购物品，管理和后勤服务，以及信息应用软件的日常维护。
2. 人事教育科：负责系统干部人事管理，包括录用、调配、考核、奖惩、工资福利等，临时用工管理，人事档案和机构编制，领导班子建设和能级管理，离任审计，学历教育与职称评定，出国（境）人员审查，思想政治工作和精神文明建设，教育培训计划组织，综合考核，评选表彰，人事信息软件维护，请销假审批，党务团建工作。
3. 计划财务科：执行税收计划和会计制度，预测分析收入，编制计划并监督执行，负责会计核算，税费基金管理，数据汇总统计，票证管理和经费、财务、固定资产监督，专项费用核拨，内部审计，信息软件日常维护。
4. 征收管理科：执行税收征管法规，研究实施行业税收管理，负责税务登记、纳税申报等工作，管理税源监控、发票、纳税评估等，处理欠缴、滞补罚税，资料管理，个体私营税收，稽查选案，业务规范化操作，征管信息管理，年度检查，行政审批和涉税服务。
5. 税政科（政策法规科）：负责税政业务和管理，制定征收办法，涉外税收管理，社保基金征收，税收执法监督，规范性文件制定，清理鉴定，法制工作，税务案件审理，行政处罚管理，执法责任制落实，执法资格管理，信息软件维护。
6. 信息管理科：制定信息建设规划，管理信息资源库，录入维护数据，软件开发与技术支持，计算机设备管理和网络建设维护，信息软件日常维护。
7. 监察室：负责纪律检查、执法监察和行政效能监察，廉政建设，处理举报投诉，违纪违法案件查处，参与内部审计，信息软件维护。
8. 工会：负责扶贫济困、双拥工作、社区共建，关心职工生活，计划生育管理，女同志服务，老干部服务，统战工作和文体活动组织。
9. 其他：设有纪检组和机关党的机构，依据相关文件规定履行其职责。