1. 办公室：负责综合协调日常行政工作，包括制定规章制度、组织工作目标责任制、应急处理、文电处理、保密档案、信访、宣传、安全保卫等。同时，承担财务管理和直属单位国有资产的监督工作。
2. 组织人事处：主要负责机关和直属单位的人事管理和队伍建设，包括干部培训、专业人员资格认证以及相关专业技术职务评审。
3. 政策法规处：负责起草地方性法规、推进依法行政和普法工作，审查行政规范性文件，监督行政执法，处理行政复议和行政诉讼等事务，以及组织重大执法检查和案件督办。
4. 行政审批处：负责药品、医疗器械、保健食品、化妆品和餐饮服务的行政许可工作，以及非行政许可审批事项的办理，包括进口药品备案和上级部门的许可工作。
5. 餐饮服务监管处（兼保健食品化妆品监管）：监督实施相关质量管理规范，实施食品安全量化分级制度，保障重大活动食品安全，参与事故调查处理，负责食品安全检测评价和应急处置。
6. 药品安全监管处：监督药品生产、经营和使用规范，实施药物研发和生产质量管理，监管特定药品类别，实施药品分类管理，负责药品安全检测和风险评估。
7. 药品流通监管处：监管药品经营质量管理，实施处方药和非处方药分类，监督中药材市场，参与药品采购管理和互联网监管，负责药品流通安全评估。
8. 医疗器械监管处：监督医疗器械产品质量标准，指导生产和经营，监管医疗机构的医疗器械使用，实施不良事件监测，负责医疗器械质量体系考核和安全性评估。
最后，机关党委负责局机关和直属单位的党群工作，推动党建工作和团队建设。
根据《中共杭州市委、杭州市人民政府关于印发〈杭州市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（市委〔2011〕10号）精神，设立杭州市食品药品监督管理局（简称市食品药品监管局）。市食品药品监管局是主管全市药品、医疗器械、保健食品、化妆品和餐饮服务食品安全监督管理的市政府工作部门。