南京市秦淮区重点高中有南京市中华中学，南京市第一中学等。下面是秦淮区重点高中名单，供大家参考。
1.南京市中华中学
2.南京市第一中学
3.南京第二十七高级中学
4.南京市文枢中学
5.南京市第三高级中学
6.南京航空航天大学附属高级中学
7.南京市第五中学
以上名单来源于网络，仅供参考。
1.南京市中华中学
南京市中华中学是一所由南京市教育局主管的公立全日制普通中学，于2002年被评为中国国家级示范高中，1953年和1980年被认定为江苏省重点中学，2004年被认定为江苏省四星级高中。南京市中华中学前身为英籍加拿大人马林创办于1899年的“基督中学”；1929年，学校更名为“育群中学”；1951年，学校更名为“南京市第一女子中学”；1968年，学校更名为“南京市东方红中学”；1983年，学校再度更名为“南京市中华中学”。
2.南京市第一中学
南京市第一中学是中国国家级示范高中、全国文明校园，是江苏省重点中学、江苏省模范学校和江苏省四星级高中，是南京市第一所公办中学。设有校史馆、档案室、心理咨询室、医务室、行政楼、图书馆、音乐厅、天象厅、体育馆等，基础设施完善。
3.南京第二十七高级中学
南京市第二十七高级中学是一所经南京市人民政府批准由原南京市第二十七中学和原南京市第四十二中学合并组建的一所独立设置的高级中学，是南京市重点中学，江苏省首批四星级高中。
4.南京市文枢中学
多年来，学校始终坚持学生全面发展的教育方针，坚持面向全体学生，体现以人为本的教育思想，以教育教学工作为中心，深入实施素质教育，教育教学成绩斐然，在全市享有一定的声誉。曾因教学成绩突出，被列为全市24所享受免试直升高中指标的学校之一。
5.南京市第三高级中学
南京市第三高级中学，是一所具有百年悠久办学历史的江苏省四星级高中，学校始建于1902年，人民教育家陶行知先生曾在学校担任6年校长。“教学生学会做人，教学生学会学习”的办学理念，百年老校形成的淳朴友爱的校风、积极向上的学风和严谨求实的教风，一直得到社会各界的充分肯定，学校连续多年获得省、市文明单位的称号。
6.南京航空航天大学附属高级中学
南航附中是全国航空（航天）模型活动重点单位、全国科技体育（航空模型）示范学校、全国航空科技教育示范学校。2013年获批成为白下区首家可招收指标生的四星级高中，成功构建了以“航空航天科技”为特色的教育体系。
7.南京市第五中学
1945年8月，中国人民经过八年浴血奋战，取得了抗日战争的伟大胜利。为了迅速恢复教育，南京开办了三所国立临时中学。
南京五中的前身是国立第二临时中学，于1945年10月筹建，12月1日开学。翌年8月，学校改归市属，更名南京市第五中学。学校历史悠久，文化积淀深厚，1953年学校被确定为江苏省首批14所省级重点中学之一，是江苏省四星级重点高中、国家级示范高中、省级重点独立高中和南京市热点高中。