东阳市科学技术局的机构设置分工明确，各司其职。首先，办公室承担着重要的日常职责，包括协助科技领导小组处理日常工作，协同有关部门进行科技进步的监测和考核，同时负责科技工作的网络建设，并指导街道、镇乡的科技委员会工作。此外，办公室还负责处理局内的信访事务、人事管理、财务工作以及日常行政事务。
计划科的主要工作是科技发展规划和年度计划的编制与实施管理，负责审核和监督各级科技项目的申报和执行，提出科技三项经费的分配建议。此外，他们还负责国家、省、金华市级高新技术企业的推荐申报，以及国家、省级创新基金项目的审核和申报工作。
成果科在科技合作方面发挥着关键作用，指导全市的科技交流与合作，并负责东阳籍科技专家的联络工作，包括管理科技专家联谊会（网）。此外，成果科还承担组建全市企业研发中心的任务，并组织科技成果的鉴定、验收和奖励工作。
专利执法科则是负责专利执法监督与奖励工作，确保知识产权的合规使用。他们还管理着全市的高新技术项目风险金和专利专项资金，确保这些资源的有效使用和管理。