闽台缘博物馆自2006年起，就成为了两岸交流的重要平台，见证了多场重要活动和嘉宾的到访。这一年，国民党副主席江炳坤的认可，以及中央电视台艺术团等机构的参观，展示了先民开发台湾的苦难精神。文化部副部长赵维绥等人在12月的参观，以及贾庆林主席的视察，进一步提升了博物馆的影响力。2007年，博物馆接待了众多领导、团体、学校和个人，如林文漪、陈希滔等，他们参与了教育、旅游、文化交流、艺术展览等多个领域的活动，博物馆日庆祝和展览评选等活动频繁举行，加深了两岸的历史和文化联系。
台湾妈祖信众、高雄、金门及厦门青少年的到访，以及台湾无党联盟主席张博雅等人的参观，都表明了两岸青年的互动与交流。在国庆期间，约7万人涌入博物馆，使之成为旅游热点。名人如袁伟民、陈光毅等政要的参观，以及泉台产业洽谈会，都显示了博物馆在两岸交流中的核心地位。2008年，博物馆更是活动繁多，包括CCTV系列活动发布会和印尼华裔青少年冬令营等，展示了博物馆的多元功能。
2009年，博物馆的参观者范围进一步扩大，包括全国对外友好协会秘书长罗勤，国家文物局主办的文物科技保护图片展，全国人大常委副委员长陈昌智等高级官员的视察，以及来自萨摩亚、日本和华侨大学的交流活动，都表明了博物馆在国际交流中的角色。刘云山等中央领导的视察，以及博物馆展览获奖，再次肯定了其在两岸文化交流中的重要作用。
中国闽台缘博物馆位于福建省泉州市，是展示祖国大陆与宝岛台湾历史关系的国家级对台专题博物馆，总投资1.8亿元，占地154.2亩，主体建筑分四层，面积为23332平方米，高度为43米。配套的景观广场面积达19000多平方米，是目前泉州市规格、档次最高的一个广场，其入口处的“九龙柱”，高19米、宽2米，是祖国大陆最高的一对“九龙柱”。