卵巢囊肿手术方式包括开腹手术和腹腔镜手术，其中腹腔镜手术属于微创手术。
一般情况下的卵巢囊肿是比较推荐采取腹腔镜手术剥除囊肿的，但在一些特殊情况下，腹腔镜手术并不能适用，因此需要根据患者的病情由主治医生来决定手术方式，如：囊肿大小、囊肿的部位、是否与其他腹腔组织发生粘连等。
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1.优点：腹腔镜手术具有恢复快、住院时间短、手术伤口小、疼痛轻等优点。
2.缺点：腹腔镜手术对医生的技术要求比较高，而且操作设备也更加昂贵复杂，还有需要术中改为开腹手术的特殊情况。另外，患有高血压、冠心病等心血管疾病的患者不适用。
1.优点：如果卵巢囊肿的情况较严重是不适合采取腹腔镜手术的，只能采取开腹手术，如卵巢囊肿体积较大、双侧卵巢都存在囊肿、囊肿与其他腹腔组织发生粘连、巧克力囊肿等。
2.缺点：开腹手术的刀口较大，缝合伤疤明显，恢复时间长，患者感受到的痛苦更加大。
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一般卵巢囊肿的直径超过5cm、囊肿与腹腔组织粘连、囊肿破裂、卵巢囊肿蒂扭转的情况下，是需要进行手术的。
一般情况下，最好在月经干净后的3-7天内做腹腔镜手术或者开腹手术，这样是为了避免出现出血的情况。有时候为了时间上的便利，可以在医院注射提前月经的药物，让月经提前来，方便安排手术时间。
如果情况紧急，需要在短时间内进行手术，就需要注射推迟月经的药物。
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卵巢囊肿手术治疗方式有开腹手术和腹腔镜手术，通常开腹手术的时间大约一小时，腹腔镜手术的时间大约一个半小时。当然，手术时间还会随着囊肿的大小、囊肿位置、症状是否恶变等情况变化，良性的卵巢囊肿手术时间通常比已经发生腹腔内组织粘连等的恶性卵巢囊肿手术时间短。