甘丹寺为中国全国重点文物保护单位。由50多座建筑组成，主要由措钦大殿、宗喀巴寝殿、羊八犍经院、宗喀巴灵塔祀殿、绛孜扎仓、夏孜扎仓及23个康村、20个米村组成。措钦大殿、绛孜扎仓、夏孜扎仓及23个康村、20个米材组成。措钦大殿（意为大经堂，即大雄宝殿）建于1409年，宽43.8米，深44.7米，有大柱108根，可容纳3300名僧内同时诵经。最初（公元1409年）是在达孜宗本索朗多吉的资助下修建的三层大殿，约在1720年由藏王加盖了金顶，1749年由晋美多吉进行了扩建，逐步形成了一定的规模。殿内主供的是未来佛强巴佛，后增供宗喀巴等鎏金铜佛。殿中设有五只金色狮子承抬的法座，名为“甘丹拾赤”，也就是由宗喀巴创建黄教后的法座。殿后左侧有一小殿，门额上有一组“兜率天”的影塑，塑造技艺极其精细逼真。小殿内有宗喀巴静坐的禅床及纯金汁书写的全套《甘珠尔》和《丹珠尔》藏文大藏经。殿内的设置、供器、装饰等物均系明代文物。大殿中有一根大柱很奇特，它离开地面有一掌厚的距离，到甘丹寺朝佛的人都要摸一摸柱底，以祈祷吉祥。
甘丹寺共有23个康村，每个康要都有一个小经堂，大多为二层楼的建筑，面积都在400平方米以上，一般可容200名喇嘛同时念经。有的康村下面再设米村，米村是寺庙最基层的管理机构，甘丹寺共有20个米村。此外，还有修建甘丹寺的主要施主达孜宗本在甘丹寺修建的高达9层的宫宇。 甘丹寺内有两大扎仓，夏孜扎仓和绛孜扎仓。绛孜扎仓（意为“北顶僧院”）是第二任甘丹赤巴克主杰的寝殿，也是他日常起居静修之所。系宗喀巴亲传弟子霍尔顿·朗嘎白哇兴建。经堂有柱84根，面积达930平方米，可容1500名僧人诵经。扎仓内主供释迦牟尼给弟子们说法像和吉祥天女护法神像，还有克主杰亲手塑的密集金刚坛城及主要本尊大威德怖畏金刚单身像。夏孜扎仓（意为“东顶僧院”）是宗喀巴亲传弟子夏尔巴·仁钦坚赞所建。经堂有柱88根，面积近1000平方米，可容1500名喇嘛同时诵经。两扎仓的教、学经论为宗喀巴三师徒的论著。两扎仓的堪布称“曲吉”，负责甘丹寺的行政和教务，绛孜曲吉由下密院的堪升任，夏孜曲吉由密院的堪布升任。而后由绛孜和夏孜两扎仓的堪布轮流承继格鲁派的法主。据史书记载：从宗喀巴创立格鲁派为始祖以来，共传法台97任。
