实际上广西壮族自治区有关部门早已启动了花山壁画的保护工程。然而由于花山岩画独特的涂绘作画方式，保护工作缺乏可借鉴的经验。为了避免保护过程中造成不可挽回的后果，一切都必须从头开始研究论证。在这样的情况下，广西文物部门较薄弱的科研力量和匮乏的研究经费无法保证研究工作的进一步开展。
值得庆幸的是目前宁明花山岩画保护工作正按部就班进行。国家文物局为该项研究首期划拨的70万元项目资金现已悉数到位。据介绍：为使该次保护工作得以有效顺利进行，文物部门现正在做风化病害研究，还有文物岩画清洗课题，由于部分新技术国内没有先例，是攻关的“硬骨头”，目前文物部门考虑要借鉴国外的成功经验。目前，岩画病害机理已进行材料分析，并把各种保护材料做筛选，待报请文物主管部门批准。预计2003底可进行现场实验，眼下正在做一些保护方案。
2009年9月5日，花山崖壁画保护专家从宁明传来好消息：一种用于治理花山壁画石块剥落和去除壁画颗粒状沉淀物的新型材料最近被专家研制成功，并于近日在花山进行了现场试验。
据西北大学博士郭宏介绍，片状剥离是花山壁画最主要的病害之一，对壁画造成毁灭性的破坏。现在最主要的任务之一就是对这种即将剥离的岩石剥片进行粘合加固。这些粘合加固材料最基本的要求是抗潮湿环境和在潮湿的岩壁上能够固化粘贴。在花山壁画现场，专家采用特殊的注射器将粘合剂灌入岩石裂缝，这种粘合剂经过半个小时后，达到了良好的固化效果。
据悉，这种材料的成功试验在世界文物界还是首次。这种由我国专家自行研制出来的粘合材料既不影响文物的外观，而且还具有伸缩性和可逆性，在若干年修补材料老化后还可以取出重换。这种粘合材料已经解决了性能上的主要问题，试验需要改进的方面将不再困难，很快这种粘合剂将应用到各类岩画的保护上。
此外，由于花山岩壁有很多渗水点，使岩画上形成了大量白色颗粒状的沉淀物，这种沉淀物物如果不及时治理，将会扩大和蔓延侵蚀岩画。为此，专家们还进行了一种名为EDTA材料的试验，经过试验证明，这种材料可以有效软化附着在壁画表面的白色颗粒状沉淀物。
由于壁画治理是一个国际性的难题，花山壁画病害治理涉及多种学科，解决了岩画剥落和白色碳酸钙沉淀物附着这两大难题后，下一步专家们将把工作重点放在治理渗水和粉尘覆盖等问题上。
虽然拯救花山壁画是长期而艰巨的工程，但毕竟还是迈出了艰难的第一步，让人们看到了保护花山岩画的希望。
