1999年12月3日，南关区撤销东安街道办事处，将其所辖行政区域划归长通街道办事处管辖；撤销西五街道办事处，将其所辖行政区域划归新春街道办事处管辖；将自强街道办事处的成阳路、树勋街2个居民委划归民康街道办事处管辖；撤销清明街道办事处，将其所辖行政区域划归自强街道办事处管辖；撤销磐石街道办事处，将其所辖行政区域划归南岭街道办事处管辖；撤销南街街道办事处，将其所辖行政区域划归全安街道办事处管辖。2000年，南关区辖11个街道、4个镇、1个乡。
2003年5月21日，将长春市南关区大南镇更名为新湖镇 。9月，长春市行政区划进行了调整，将南关区的新立城镇、新湖镇划归净月旅游经济开发区代管。区划调整后，南关区总面积为81平方公里，其中南湖大路以南的新城区面积为65平方公里，南湖大路以北的老城区面积为16平方公里，辖9街1乡2镇，7个行政村，54个社区，人口47.5万。
2003年，南关区辖：桃源街道、全安街道、永吉街道、曙光街道、南岭街道、永兴街道、自强街道、民康街道、新春街道、净月街道、玉潭镇、新立城镇、新湖 镇、幸福乡。其中新立城镇、新湖镇由净月旅游经济开发区代管。2004年8月15日，全区辖11个街道，3个镇，1个乡，69个社区，36个村。新春街道：办事处驻大马路；长通街道：办事处驻东大桥街；南岭街道：办事处驻亚泰大街；永吉街道：办事处驻通化路；曙光街道：办事处驻珲春街；全安街道：办事处驻二三小区；民康街道：办事处驻西四道街；自强街道：办事处驻平治街；桃源街道：办事处驻晴柳街；永兴街道：办事处驻锦竹东路31号；净月街道：办事处驻东北师大对面；玉潭镇：镇政府驻福祉大路；新立城镇：镇政府驻下齐家窝堡；新湖镇：镇政府驻土别岭；幸福乡：乡政府驻幸福街。
2005年12月20日，经省政府批准，决定在南关区和二道区分别成立临河、东方广场两个街道办事处，交经济技术开发区代管。南关区临河街道办事处位于东环城路以西，自由大路以南，伊通河以东，卫星路以北，辖宏声村、宏明村、宏丰村、大榆树村、小河沿村，8个社区（浦东路社区、海口路社区、昆山路社区、威海路社区、临河社区、珠海路社区、北海路社区、卫星路社区）。辖区面积10.8平方公里，人口125795人。
2006年，成立鸿城街道、明珠街道 。 南关区净月潭四周生长着19世纪七十年代陆续种下的8000公顷人工林海。林海的树种有樟子松、落叶松、红松、油松、赤松、云杉、冷杉及天然次生林、山杨、桦树、蒙古栎、糠椴和少量的杨、榆、胡桃楸等；园内植物格局模拟长白山植物垂地分布特征，有山花、药用植物等千余种。新立城水库有3000公顷的水源涵养人工森林。
景区内有山鸡、山鹊、野鸭等飞禽60多种，松鼠、刺猬、狍子、狐狸等动物20多种，各种昆虫460多种。 根据2000年第五次人口普查数据：南关区总人口576658人，其中：南岭街道87902人、自强街道38946人、民康街道32315人、新春街道42536人、长通街道41822人、全安街道49651人、曙光街道51250人、永吉街道44533人、桃源街道29707人、永兴街道28309人、新立城镇21035人、大南镇20157人、玉潭镇14342人、净月镇26604人、幸福乡47549人。
截止到2006年，总人口64万人。 2004年，南关区一般预算收入2408万元，一般预算支出7242万元。全年工业总产值56894万元，重点工业产值完成10899万元。社会消费品零售总额6.64亿元。实际利用外资130万美元。全区实现地区生产总值755981万元，按可比价格计算，比2003年增长19.6 %。其中，第一产业增加值5052万元，比2003年下降21.2%；第二产业增加值212029万元，比2003年增长16.3 %；第三产业增加值538900万元，比2003年增长21.6 %。三次产业结构为0.7 ：28.0 ：71.3 。
2006年第三产业贡献率为76.4%。2006年全区完成全口径财政收入106579 万元，按可比口径计算比2005年增长26.6 %。其中，本级财政收入21166万元，增长29.3 %。全年完成地方财政支出 44915万元，比2005年增长17.1 %。
截止到2014年末，地区生产总值完成242亿元，同比2013年增长8%；全口径财政收入实现50.3亿元，同比2013年增长7%；固定资产投资完成90亿元，引进内资34.9亿元，外资6800万美元。 2004年规模以上工业企业完成增加值82986万元，按可比价格计算，比2003年增长0.8 %。规模以下工业企业完成增加值6915万元，按可比价格计算，比2003年增长8.0 %。2006年按在地统计全区实现全口径工业总产值487000万元，比2005年增长34.0%。按属地统计全区实现全口径工业总产值28021万元，比2005年增长7.7%，其中：规模以上工业实现产值12002万元，比2005年增长14.9%。
工业项目有江苏丹阳面粉加工有限公司、安利达钢结构有限公司、省一毛毛纺织有限公司等，在工业经济发展中起到了支撑作用。技改投资达575万元，比上年增长24.7%。社会消费品零售总额完成66414万元，增长15.3%。新建投资规模500万元以上的民营企业22个、5000万元以上的3个，投资总额累计达1.8亿元。盈利企业盈利增长16.6%；新增个体工商户1000余个；3个民营企业入驻金明工业园区。企业改制进一步取得成果，在对人造金刚石磨料磨具厂、开封市助剂厂和京都服饰制衣有限公司等10余个企业进行股份制改造的基础上，又对顺河化工厂进行成功改制，与郑州美嘉置业有限公司签订了一次性转让合同。全区33个集体企业已有32个进行了不同形式的企业改制，改制面达97%。
制定了《顺河回族区招商引资优惠政策》和《2004年主要经济指标考核奖惩办法》。组织参加了上海、广东、福建、青海、河南等5次大型招商引资洽谈活动，共签约34个项目，引进内资3亿多元，合同利用外资280万美元，实际利用外资130万美元，实现出口创汇99万美元。 2006年完成全社会固定资产投资312000万元，比2005年增长60.4%，增幅比2005年提高4.8个百分点。其中，完成房地产开发投资146481万元，增长83.8 %。18个重点项目开工16个，完成投资额192604万元，占全社会固定资产投资完成总额的比重达到61.7 %。其中完工项目9个，完成投资额100965万元，占全社会固定资产投资完成总额的比重达到32.4%。
2006年，累计引进项目1020个，其中超千万元项目181个，超亿元项目30个，利用内资54亿元，实际利用外资2220万美元，比2005年增长10%。经济总量不断壮大，并先后与15个国家和地区建立了经济合作关系，与33个县（市）区建立了友好合作关系。
亚泰大街三产隆起带崛起，重庆路、南湖大路等商圈建设加快。以通钢大厦、21世纪商务总部等为代表的商务楼宇初具规模，累计新增商用和商务楼宇面积160万平方米。大力推进专业街建设、实施创业路、“千店工程”，累计新增商家2300余户。全区呈现出传统商贸业日渐繁荣、现代服务业增势强劲、专业街路初具规模、全民创业氛围日益浓厚的发展态势。
2006年全区实现社会消费品零售额512522万元，比上年增长13.9%。 南关区限额以上批发零售贸易企业已达到27户，实现社会消费品零售额321364万元，占全区社会消费品零售额的62.7%。
