山东农业大学目前共有62个本科专业,涵盖农学、理学、工学、管理学、经济学、文学、法学、教育学和医学九大学科门类,其中农学类16个专业、理学类9个专业、工学类21个、管理学类7个专业、经济学类2个专业、文学类4个专业、法学类1个专业、教育学1个专业、医学1个专业。现有教室130个,多媒体教室89个(教学楼85个,信息楼4个),座位数8250,普通教室82个,座位数8040,总座位数16290。另有其他功能教室10个(语音训练室5个,美术教室2个,绘图室3个)。教师休息室单间5个,四间两个。
2012年南校区共涉及37个本科专业,学生达13000余人。 为拓宽学生的知识面,增强学生适应社会的能力,提高学生的整体素质,从2002年开始学校建立了双专业和双学位制度,在本科生中实行“主修+辅修”培养模式。学生在学习原专业的同时,可以申请修读第二个本科专业,取得规定的学分后,获得两个本科专业的毕业证书,如果第二专业与原专业属于不同学科门类,可以同时申请第二学位,经学位委员会审查通过后,取得两个学士学位证书。2003年法学、计算机科学与技术、工商管理、生物技术、英语、园林等六个专业经省教育厅批准培养双专业双学位学生。