自1949年11月宁远县人民政府成立以来，设立了建设科，专门负责全县范围内的水利建设项目。随着发展，1954年11月，农村水利局应运而生；1973年8月，水利电力局成立，进一步加强了水利领域的管理与服务。进入21世纪，2002年2月，宁远县水利局得以恢复，正式回归其在水行政管理中的核心地位，作为县人民政府的重要工作部门。
该局下设多个职能股室，包括机关办公室，致力于日常行政事务的处理；人事科教股，负责人力资源管理和行业知识的普及与更新；计划财务股，负责全局的预算与财务规划；水政水资源股，关注水资源的保护与合理利用；水利建设与水土保持股，专注于水利设施的建设和维护，以及水土保持工作；工程管理股，确保水利项目的有效实施；防汛抗旱办公室，承担防洪抗旱的应急响应和管理任务；勘察设计站，负责水利项目的规划设计；以及水政监察大队，执行水利法规，保障行业秩序。