宁远县卫生局设有多个内设机构，各自承担着不同的职责。
首先是办公室，由周树生主任负责，主要负责政策调研、综合协调政务、制定局规和年度计划、文件起草、档案管理等事务，包括文秘、信息报道、督查、信访、机要、保密等工作。
人事股由李万忠股长管理，负责卫生人才发展规划、专业技术职务资格评审、公务员管理和党务、人事、工会等工作，确保人事管理和党务工作的正常进行。
医政股由黎志胜股长领导，主要职责是宣传贯彻医政法规，管理医疗机构，协调医疗任务，审核医务人员执业资格，处理医疗纠纷，以及中医和民族医事业的发展。
计财股股长叶琳负责全县卫生事业的规划、经费管理、大型设备配置审批以及财务监督和审计等工作，确保卫生资源的合理分配和资产监管。
法监股由乐伟股长掌管，负责卫生执法计划的制定和监督，传染病、职业病防治以及疾病预防控制工作。
纪检监察室主任姚莉负责局机关的纪检、监察和党风廉政建设工作，确保公正廉洁的行政环境。
初保办主任姚莉负责初级卫生保健规划的制定和实施，推动农村卫生保健工作。
爱卫办由唐春生主任管理，负责爱国卫生运动的日常工作，包括环境卫生管理、卫生城市创建和城乡除“四害”活动等。
最后，县红十字会秘书长欧阳幼志主要职责是贯彻红十字会方针，指导救援工作，开展社会服务和推动无偿献血工作。