最著名藏品
馆内的几件镇馆之宝其中最著名的藏品要属一件商钺，据精通中国文物的馆长介绍，钺是殷商礼器，这件器物高30.4厘米，刃部宽35厘米。此钺的独特之处在于两面的人面造型生动立体,耳部,嘴部运用镂空技术，穿孔透雕，做工非常精细。据说目前中国收藏的铜钺体积都很小，而且大多是虎纹钺。1965年中国考古工作者在山东出土了两件类似商钺，但工艺远没有柏林收藏的这件精美。这件商钺是德国东亚艺术博物馆于1962年从香港著名收藏家陈仁涛处购得。
巫支祁
博物馆的另一件宝贝叫巫支祈，是公元12世纪的一个动物石像，高不过半米，头部似猴非猴。传说在上古时代，中国大地经常洪水泛滥，舜帝召见大禹，命其治水救民。在治理淮河时，大禹看到一只动物，白头青身，金眼白牙，外貌有些像猴子，十分凶猛。它以身触岸，堤岸立刻崩溃。原来这就是名为巫支祈的水神。禹王派出天神乌木田、童律与水神巫支祈交战，但诸神均非其对手，最后禹王又派掌管时间的天神庚辰紫微神出战，巫支祈不敌，潜水逃跑，但庚辰行走得更快，将巫支祈擒住。禹王下令以铁锁锁住巫支祈，压在龟山下，从此水患平息。据说后人在淮河一座桥上筑了四尊巫支祈石雕，但后来这四尊巫支祈不翼而飞。目前人们只知道，一尊在香港，另一尊便是眼前收藏在东亚艺术博物馆的这个，其他两尊至今下落不明。
北凉沮渠安周造像佛寺碑
柏林东亚艺术博物馆在1945年前还曾有过一件价值连城的文物。据说早在1906年，清朝大臣端方随中国政府代表团在欧洲考察时来到柏林东亚艺术博物馆参观，他在这里看到了北凉沮渠安周造像佛寺碑。这块石碑刻于十六国时期的北凉承平三年（445年），碑文盛赞当时河西地区的世家大族沮渠氏笃信佛教的事迹及建寺功德。这块石碑19世纪后期在新疆出土，后被文物商运出中国，几经倒手，于光绪二十九年（1903年）卖给柏林博物馆。端方看到这块石碑时大吃一惊，因为他是个金石学家，了解这块石碑的珍贵和重要，因而要求拓印。在柏林东亚艺术博物馆方面的配合下，端方拓印了一张拓本带回中国。但遗憾的是，原碑在1945年盟军攻克柏林后就不见了，有人猜测是在盟军轰炸中被毁掉了，也有人认为，被人偷走了。从此在中国收藏的拓本就成了孤品。
其他中国文物
柏林东亚艺术博物馆还收藏着十几件中国皇帝“赠送”的文物。1900年6月10日，义和团大规模开进北京，德国公使在北京街头被义和团杀死。事件发生后，德国皇帝威廉二世决意报复中国，派遣了2万多人的对华远征军，清朝战败以后，与11国签订《辛丑条约》。清朝政府被迫派人赴德国就克林德公使被杀一事向德国皇帝道歉。光绪皇帝让他的弟弟醇亲王载沣随身携带大量珍贵文物礼品，准备奉送给德国皇帝威廉二世。因为克林德被杀，德国皇帝无法接受任何礼品，所以这批文物就转赠给了德国的博物馆，文物物件包括明清二代的玉器、陶瓷、书画、织品等。
民俗博物馆
在东亚艺术馆大楼内还有一座民俗博物馆，这里收藏的很多中国文物是19世纪欧洲列强对中国文化资源掠夺的产物，带有明显的殖民主义痕迹。19世纪末、20世纪初的中亚和中国西北地区是各国探险家光顾的热点，他们打着“文化考察”的旗号成立了各种名目的探险队，测量队和考察队，纷纷来到中国西北地区收集中国文物，非法挖掘古文化遗址，造成了中国文物的大量流失。从1902年到第一次世界大战爆发，德国柏林民俗博物馆派人在中国西北进行了四次大规模的挖掘。德国考察队第一次于1902年8月11日离开柏林，11月下旬到达吐鲁番正式开始考察，1903年4月结束。考察队先后在哈拉和卓、高昌古城、胜金口、木头沟地区进行多次挖掘，对高昌故城进行了重点挖掘。这一次在吐鲁番地区不到五个月的挖掘中，德国人就运走了46箱佛教壁画、文书和雕塑。德国第一次吐鲁番考察队的“丰富收获”震惊了德国东方学界，业内人士要求，尽快再派新的考察队前往新疆地区。德国皇帝和军火大王克虏伯以个人名义提供捐助作为第二次考察的经费。这次德国人在哈拉和卓盗走了从未发现过的摩尼教创始人梅尼兹的肖像壁画以及许多珍奇的手写文书、壁画、纺织品、钱币等。在柏孜克里克，考察队队员竟用狐尾锯把已存在千年之久的28幅大型壁画全部锯下。德国人第三次搞到的文物数量最为惊人，他们把被认为是中亚艺术顶峰的克孜尔壁画全部切割下来运往柏林，数达128箱。据统计，德国考察队几年间在吐鲁番、库车一带共运走古物400箱。但收藏这些文物的博物馆在第二次世界大战中遭到毁灭性的轰炸，几百幅壁画损失了一半以上，柏孜克里克的20余幅壁画全部化为灰烬，近300尊塑像毁坏了一半。
