新化县财政局的机构设置分为多个层级，包括四个二级局和三十三个股室。具体如下：
二级局：非税收入管理局、乡财政管理局、财政监督检查局和国库集中支付局
内设机构包括19个部门，职责分工明确：
办公室：负责综合协调日常政务，会议组织，文件起草，财政信息、调研等工作，以及文电、机要、保密、接待等行政管理工作。
综合规划股：研究财政政策，编制规划，分析财政经济形势，提出政策建议，管理住房资金和负责部分部门财务管理。
税政法规股：负责财政法规的督办和财政执法，包括行政复议和税务法制宣传等。
预算股：负责预算管理，编制预算草案，办理预算调整，监督财政收支等。
国库股：管理国库和总预算会计，负责财政资金调度与支付，编制总决算等。
行政政法股：执行行政财务规则，负责行政基建和经费管理等。
教科文股：执行事业单位财务规则，负责教科文事业改革与资金管理。
经济建设股：参与财政投资政策研究，监督财政性资金项目等。
农业股：负责财政支农政策，监督预算执行，管理专项资金等。
社会保障股：参与社会保障制度改革，管理社会保障资金，监督预算执行。
企业股：监督企业财务，参与企业改革，负责非银行金融机构的财务监管。
对外经济贸易股：负责外经贸财务制度执行，管理国外贷款与捐赠资金。
会计股：负责全县会计工作，包括会计资格管理、培训和监督。
产权股：负责国有资产管理和行政事业性国有资产管理。
人事教育股：负责人事管理，干部调动，财政系统教育规划和培训。
财政监督检查局：执行财政监督检查政策，监督财税法规执行。
乡镇财政管理局：负责农业税收管理，乡镇财政建设等。
非税收入管理局：负责政府性基金和行政事业性收费管理。
此外，还设有纪检组与监察室，以及机关党总支和工会。这些机构共同确保了新化县财政局的高效运作和财政管理的规范进行。