为了丰富馆藏内容，博物馆征集、展示有扁鹊及历代中医药史料、验方，诊断、治疗及药物加工炮制方面的物品800多件。博物馆现有四个展厅，分别是神医殿、中国古代医学史展厅、古代十大神医展厅及扁鹊堂。展览用大量的物品、图片，突出展示秦越人扁鹊在中医药方面的贡献和在中医诊疗过程的重大事件，生动再现我国中医药发展历史和最新发展成果。
神医殿陈列扁鹊行医故事挂图和扁鹊所著中医文献等，在这里，观众可以详细了解扁鹊的生平和医学成就。此外，还展出了砭石。砭石是最古老的医疗工具，是针的祖型，这是中医界的共识！神医扁鹊因善用砭石声名鹊起，因此，砭石也称为扁鹊石。砭石是一种以碳酸钙为主要成分呈微晶结构的片岩，因其天然性、稀缺性和不可再生性，素有“稀如钻石、贵比黄金”的说法。砭石含有人体所需的43 种以上微量元素和矿物质，和人体接触时可产生超声波脉冲和远红外热。这种超声波脉冲和远红外热会循经而行，导气行血，活血化瘀，通经活络，调和阴阳，加快血液循环和新陈代谢，改善人体微循环状态，排除体内垃圾和毒素，从而起到治病防病的作用。这就是扁鹊用它来给人治病的原理所在。 东配殿为中国古代医学史展厅，主要展示中医从远古医学的雏形到清末医学的发展历程。这里展出了经典中医学器械，和有关中医药发展史的珍贵文物共500余件，包括各个时期的手术刀、手术用具、针灸铜人、制药用的炼丹炉、野生千年灵芝、史前的鹿茸钙化石等。其中最具代表性的是针灸铜人像，它是我国古代用于针灸教学的人体经络腧穴模型。针灸铜人是北宋仁宗天圣五年（1027），由诏命翰林医官王惟一所造。其高度与正常成年人相近，胸背前后两面可以开合。铜人体内雕有脏腑器官，表面镂有穴位，穴旁刻题穴名。再以黄蜡封涂铜人外表的孔穴，其内注水。如取穴准确，针入而水流出；取穴不准，则针不能刺入，也无水流出。我馆展出的针灸铜人像，材质为紫铜，高约1.75米，重约330斤左右。
西配殿为古代十大神医展厅，用石质浮雕的形式，展示了中国古代十大名医的主要生平及医诊的生动画面。还有历代中医药典籍，供社会各界人士参阅。露天有古代十大神医的石雕像。
扁鹊堂展出中草药保健品及稀有中草药，其中最让观众大饱眼福的是有“千年太岁”之称的肉灵芝。可谓是馆内的镇馆之宝。据说秦始皇让徐福寻找的仙药就是肉灵芝。肉灵芝是一种活体粘菌，靠水生活，放在水中不会腐烂，也不会变质。
