1、项目规划“卓越农林人才教育培养计划”共设置专项200项，其中拔尖创新型农林人才教育培养项目60项，复合应用型农林人才教育培养项目100项，实用技能型农林人才教育培养项目40项。
2、项目申报：申报拔尖创新型农林人才教育培养计划项目的院校须有农学门类一级学科及其他门类涉农涉林一级学科博士学位授权点；申报复合应用型的院校须有涉农涉林类别硕士专业学位授权点；申报实用技能型卓越农林人才教育培养项目的院校须有国家或省级优势和特色专业。优先支持建有国家重点实验室或国家工程实验室或国家工程（技术）中心的高校承担拔尖创新型农林人才教育培养计划项目。教育部直属高校直接向教育部申报，其他高校由各省（区、市）教育、农业、林业行政部门组织遴选后向教育部推荐。
3、项目审核：“卓越农林人才教育培养计划”专家组对申报试点项目进行审核。
4、项目评估：建立定期督查、考核和评价制度。在计划项目实施过程中，选派专家组开展“卓越农林人才教育培养计划”实施效果的督查、考核和评估，实行滚动支持和退出机制。
各省（区、市）教育行政部门对承担“卓越农林人才教育培养计划”项目的高校，应给予指导、督查和重点支持。承担“卓越农林人才教育培养计划”项目的高校负责组织计划项目的论证与申报、实施与管理等。 1、“卓越农林人才教育培养计划”将给予试点高校招生政策支持，适度增加相关具有推免资格的涉农高校推荐免试研究生名额和研究生招生计划，支持高等农林院校开展国家农林教学与科研改革试点。
2、重点支持改革试点项目的院校建设农科教合作人才培养基地。
3、优先支持改革试点项目学生参加国际合作交流，优先支持改革试点专业青年骨干教师出国研修，优先支持具备条件的参与高校申请中外合作农林教育项目。按照教育部规定适度增加参与高校自主招收留学生的中国政府奖学金资助名额。
