根据上述职责，市司法局设14个内设机构和政治。
(一)办公室。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、保密、政府信息公开等工作；承担重要事项的组织和督查工作；承担本市司法行政涉台事务，参与处理涉台法律问题。
(二)研究室。
承担本市司法行政方面重大问题的调查研究，并提出相关政策建议；承担重要文稿的起草工作；组织有关地方志、年鉴的编纂工作。
(三)法制处(执业监督处)。负责机关推进依法行政综合工作；起草司法行政方面的地方性法规草案、政府规章草案；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；负责对本市律师事务所及律师、公证机构及公证员、司法鉴定机构及司法鉴定人、基层法律服务所及法律服务工作者、在京设立的国(境)外律师事务所代表机构及其代表的违法行为进行查处；负责本市仲裁机构的登记管理工作。
(四)法制宣传处。
承担本市法制宣传教育工作；拟订全民普及法律常识教育规划，并组织实施。
(五)律师工作管理处。
拟订本市律师工作规划及相关政策；承担律师事务所、律师的指导监督工作；承担在京设立的国(境)外律师事务所代表机构的登记备案工作。
(六)公证工作管理处。
拟订本市公证工作规划及相关政策；承担公证机构、公证员的指导监督工作；组织开展与外国及港澳台公证组织、人员的业务交流与合作；组织指导公证员考核工作。
(七)司法鉴定管理处。
拟订本市司法鉴定工作规划及相关政策；承担司法鉴定机构、司法鉴定人的审核登记、资质管理等工作。
(八)基层工作处。
拟订本市基层司法行政工作规划及相关政策；指导和监督人民调解和基层法律服务工作；指导基层司法所和基层司法行政队伍建设。
(九)社区矫正和帮教安置工作处。
拟订本市社区矫正和帮教安置工作规划及相关政策；协调解决社区矫正和帮教安置工作中的重大问题；指导区县社区矫正和帮教安置工作。
(十)法律援助工作处。
拟订本市法律援助工作规划及相关政策；承担法律援助机构、法律援助工作人员的监督管理工作；指导社会组织和志愿者开展法律援助工作。
(十一)国家司法考试处(北京市国家司法考试办公室)。
承担本市国家司法考试的考务工作，并对考试工作进行监督；承担对取得资格证书者的有关管理工作。
(十二)信息技术处。
拟订本市司法行政系统信息化发展规划、规章制度和技术标准，承担有关信息系统的建设、维护和管理工作；指导司法行政系统的信息化工作。
(十三)计财处。
负责机关及所属单位预决算和经费管理工作；承担机关及所属单位国有资产和装备的管理工作。
(十四)行政处。
负责机关及所属单位后勤保障、安全保卫等行政后勤的管理与协调工作。政治部(设组织处、人事警务处、宣传教育处)。
组织处
拟订本市司法行政系统干部队伍建设和人才工作规划，并组织实施；按照权限管理司法行政系统干部；协助区县管理司法行政部门领导干部。
人事警务处
承担机关及所属单位的人事、劳动工资及机构编制管理工作；组织有关专业技术职称评定；承担北京市监狱管理局、北京市劳动教养工作管理局人民警察警衔管理工作；审核北京市监狱管理局、北京市劳动教养工作管理局人民警察录用、调入。
宣传教育处
负责本市司法行政系统的宣传教育工作；负责机关及所属单位的新闻发布工作。
纪委(与派驻监察处合署办公) 承担机关并指导本市司法行政系统纪检、监察和审计工作；承担机关及所属单位的内部审计监督；受理检举、控告、申诉事项。
机关党委
负责机关及所属单位的党群工作。
工会
负责机关及所属单位的工会工作。
离退休干部处
负责机关及所属单位离退休人员的管理与服务工作。
