不同的单位待遇不同，不能一概而论那种单位更好。差额和全额事业单位的工资计算公式是不一样的，一般上，差额单位略高于全额单位。全额单位的工资由财政保障，差额单位是财政只拨付一部分，其他部分由所在单位自己通过其他渠道解决。至于退休后的待遇在实行养老金并轨之后，就基本相差不大了。
全额拨款事业单位，执行国家统一的工资制度和工资标准。
差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。
扩展资料：
财政全额拨款
财政全额拨款是一种政府财政分配形式，中国主要拨款单位有图书馆、文化馆、各级公办学校、党校、档案局、文化中心、农业局下属的森防管理事业单位、动物疫病控制中心、城建局下城市维护管理的如园林处、公园、绿化站、城肥所、环卫处、疾控中心、防治站等。
事业单位是我国特有的，它的划分方式较多。有按经费来源划分，按编制管理划分，按组织机构划分等等。按照经费来源划分，如上面各位所述：自收自支事业单位、全额拨款事业单位、差额拨款事业单位。按照组织机构划分可分为：国家机关、企业、事业单位、社会团体、其他机构。
财政差额拨款
财政差额拨款指我们国家现在的管理体制中，划分出行政、事业单位、企业等几大块，国家机关的经费由国家财政预算拨款，即国家机关的所有经费全部由国家财政全额拨款。
而事业单位又根据事业单位的性质分为全额拨款、差额拨款、自收自支三种类型。一部分非营利性机构（如医疗卫生机构）属于差额拨款类型，差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。
按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。随着我国政治体制和经济体制改革开放的深入发展，一些事业单位的经费已经开始逐步向实行自收自支过渡。
有产品和创收能力的事业单位国家财政则不拨款，采取自收自支的财政管理形式。
参考资料：财政全额拨款（百度百科）