1932年，武汉发生大水灾，孟目的携带救济药品参加防治流行病时，发现有一些进口药品是假的或质量不合规定，十分气愤，期望中国有生产原料药品的药厂。他在国立药学专科学校迁到重庆磁器口时，就设立了一个实验药厂，利用当地的矿石资源生产硫酸镁等原料药。被免去校长职务后，他又去香港创办协和药品公司制药厂，一面筹办药厂，一面选购必需的药品器材，运到后方，供军民使用。太平洋战争爆发后，香港被日本占领，他辗转回到重庆，在南岸龙门浩创办协和制药厂，生产磺胺、葡萄糖等原料药品和制剂。磺胺是当时有效的抗菌消炎药，在中国是由协和药厂首先合成生产的。
1945年，抗日战争胜利后，孟目的被重庆国民政府卫生署派去上海接收12个日伪药厂，这些药厂是由经济部接收后移交的，接管后成立卫生署药品生化药品实验处，他任副处长。在商邱路的原重松制药厂改建为第一制药厂，杨树浦宁武路的原武田第四制药厂改称为第二制药厂。这两个药厂规模比较大，由于工人在日本投降时护厂数昼夜，设备未遭破坏，仍有一定生产条件。他主张尽快恢复生产，以发展中国制药工业，但遭到上级反对，并因同情药厂工人的复工请愿，遭到排挤。1946年，孟目的回北平奔父丧，正值晋察冀解放区在张家口筹办药厂，派专人迎孟目的前往进行技术指导。他欣然前往，由沈其震陪同受到聂荣臻司令员的亲切接见。他建议根据解放区的条件，就地取材，土法上马，利用当地出产的麻黄提取麻黄碱，还指导生产柴胡注射液等中药制剂。自从孟目的到解放区半年时间，药厂的生产不断扩大，产品质量不断提高。他对操作要求很严格，经常亲自动手洗安瓿、灌药液、熔封等，别人操作后他还仔细检查。他经常抽时间给青年工人讲授制药操作知识，给技术员讲授制药基础理论，因人施教，用什么，讲什么，有人生病缺课．还要设法补上，大家亲切地称他为孟老师或孟教员，乐意和他接近。
孟目的自解放区回到上海后，担任善后事业保管委员会的制药厂厂长。这个厂解放后改称上海第一制药厂，解放初期生产磺胺噻唑、葡萄糖酸锑钠等原料和制剂。葡萄糖酸锑钠是五价锑盐，比当时外国的三价锑盐毒性小、疗效高，对消灭华东几省流行的黑热病起了重大作用。
