专项审计调查报告的格式并非固定，其多样性取决于委托方和审计目标。通常，专项审计报告分为简式和详式两种类型。对于常规的专项审计，如企业改制或合并分离审计，如果未特别要求，可采用年度财务报表审计报告的简式格式。
详式报告的生成则可能基于特定委托内容，例如离任审计，为了全面评估离任人员的经济责任，需要提供详尽报告。此外，委托方的特定要求也可能要求出具详式报告。详式报告的结构一般包含审计范围、双方责任、审计依据等内容，参考审计准则第1601号和第3101号的范例可以撰写引言和范围段。
详式报告的基本格式包括标题、收件人、引言段、基本情况（被审计单位和对象）、审计情况（详细内容分类）、审计结论（总结和结论）、说明事项、附件信息以及签章。在撰写审计结论时，需根据业务性质采用积极或消极的方式表述，如合理保证业务中的肯定性结论，有限保证业务中的否定性结论。
对于离任审计等需要详式报告的情况，报告应重点突出，客观公正，避免过多评论和个人观点，避免使用强烈修辞和猜测。审计报告在正式发布前应谨慎处理，特别是在未征求委托方意见的草稿阶段。
值得注意的是，审计报告的制作需遵循法律规定，如最高人民法院的规定指出，审计报告应有明确的用途，除非有新的审计证据或需要出具不同格式的报告，否则不应因为用途改变而重新出具审计报告。
专项审计调查报告是专项审计调查工作结束后，专项审计调查组向审计机关提出的报告。专项审计调查报告是反映问题、分析原因和提出意见建议的载体，是反映调查成果大小的关键。专项审计调查是审计机关主要采用审计的方法，对与财政收支、财务收支有关或者本级人民政府交办的特定事项，向有关地方政府、部门、单位和个人进行的专门调查活动。