2007年3月18日时刻表修正之后的运行系统如下。斜字是运行开始年。
宇都宫线～横须贺线系统
湘南新宿线普通（横须贺线普通-≪大船-大宫：普通≫-宇都宫线普通）：2001年
湘南新宿线普通（横须贺线普通-≪大船-大宫：普通≫-宇都宫线快速）：2004年※1
东海道线～高崎线系统
湘南新宿线快速（东海道线普通-≪大船-大宫：快速≫-高崎线普通）：2001年※2
湘南新宿线特别快速（东海道线特别快速-≪大船-大宫：特别快速≫-高崎线特别快速）：2004年
※1：南行在大宫以北、北行在大崎以北称为“湘南新宿线快速”
※2：北行在大崎以北称为“湘南新宿普通”
此外，过去高崎线～东海道线系统在高崎线内快速运转，东海道线内各站停车的“快速”是在2001年开业～2004年运行，高崎线内（大宫以北）的停车站与现在的特别快速相同，于惠比寿有停车。
在经由路线中记载，东海道线直通列车是在旧蛇洼信号场～户冢站间与横须贺线列车同一路线行驶，户冢站～大船站间转往东海道线，因此，东海道线系统的列车在大崎站～户冢站间称之为“快速”“特别快速”，横须贺线停车站东户冢站、保土谷站、新川崎站、西大井站等各站通过。
湘南新宿线的东海道线直通列车，于横滨站～户冢站间与横须贺线列车同一路线行驶，于横须贺线月台发车。因此，横滨站与户冢站间要搭乘湘南新宿线东海道线直通小田原方向（南行）列车时，要在横须贺线月台搭车而非东海道线月台。在户冢站是在同一月台对侧发车因此没有问题产生，但是在横滨站两线是在不同月台，如果想要搭乘比较时间近的班次，首先得要先确认要搭乘东海道、横须贺的哪一线再在到该列车月台搭车，如果遇到电车误点，发布列车时刻变更时，必须在狭窄的月台与楼梯移动到别的月台。在大船站里逗子、大船发车与到站在横须贺线月台，小田原、国府津、平冢发车与到站使用东海道线月台，因此在同站要搭乘往新宿、池袋方向（北行）列车，必须要依照列车而变更月台。
在户冢驿因有东海道线与横须贺线（湘南新宿线）的方向别月台，横须贺线与东海道线、往东京方向列车与往新宿方向列车可以相互在同一月台转乘，便利性相当高。但自湘南新宿线东海道线直通列车转乘往横须贺线大船以南时，在户冢站转乘会需要等待后续列车，需依据时间带在大船站转乘先于站内停车中的横须贺线列车。
于首都圈年终年初时实施的终夜运转，在湘南新宿线以往镰仓市鹤冈八幡宫初诣的客人为对象，运行宇都宫线～横须贺线系统的普通列车。
