南宁市国家税务局内设机构13个，级别为正科级。
（1）办公室
拟订本系统年度工作计划、有关工作制度；起草和审核市局重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督查督办、信访、保密、密码等工作；组织协调系统安全管理和维稳工作；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；组织人大代表建议和政协委员提案办理;承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作；协助局领导对有关工作进行综合协调。（2）政策法规科
拟订并组织实施本系统依法行政、依法治税工作方案;组织协调涉及多税种、综合性税收政策的落实工作；组织实施综合性税收政策调研；承担机关有关规范性文件合法性审核工作，并定期进行清理、评估和反馈；承办局外涉及多税种、综合性税收政策文件会办工作；承办税收规范性文件的备查备案工作；牵头重大税收案件审理及规范税务行政审批工作；办理行政复议、行政赔偿案件及行政诉讼案件；组织反补贴案件的应对工作；组织落实税收执法责任制，组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作，组织落实税收执法过错责任追究制度；配合财政、审计等部门对税务部门的税收执法监督工作，督查落实税收执法检查结论和各类审计结论。
（3）货物和劳务税科
组织实施增值税、消费税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等办法；管理增值税专用发票、增值税抵扣凭证（海关完税凭证、货物运输发票、机动车销售统一发票以及农产品收购凭证）；负责增值税计税凭证的税控、稽核和审核检查管理工作；负责增值税“一窗式”比对管理工作；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（4）所得税科
组织实施企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（5）收入核算科
牵头编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划；指导组织收入工作，分析检查税收计划执行情况；负责税款征收信息的集中处理，监督检查税款缴、退库情况；组织开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；落实税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作和制度；承担税收收入数据的综合管理应用工作，对外发布税收收入数据。
（6）纳税服务科（纳税服务中心）
组织、协调和指导本系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；组织实施税收信用体系建设；指导税收争议的调解；组织实施面向纳税人的税法宣传；承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作。
将原设置的市局办税服务厅职责并入纳税服务科，并加挂纳税服务中心牌子。纳税服务中心（对外称办税服务厅），其工作职责为：负责办理纳税人的各类涉税事项，包括办理纳税人、扣缴义务人税务登记事项；办理发票发售、代开、审验、收缴等发票管理事项；办理纳税申报、认证、税款征收、申报资料接收等涉税事项；实施税务违法的简易处罚（发票违章）；受理纳税人投诉；实施面向纳税人税法宣传；受理纳税人涉税审批申请；开展纳税咨询、提供办税辅导（12366服务热线咨询、首问岗、纳税人之家等咨询工作）；办理其他相关事项。
（7）征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；研究提出专业化征收管理和税收征管规程完善的建议；组织落实税收征管数据管理和应用办法、综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度；负责金税工程的管理及推广应用工作。
（8）财务管理科
负责管理机关和本系统财务工作；拟定财务管理、基本建设管理、政府采购等办法；审核汇编部门预算、决算；组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项；承担本系统基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作；组织实施财务预算管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作；配合财政、审计等部门对税务部门的财务管理监督与审计工作。
（9）人事科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作；监督检查本系统执行干部人事规章制度情况；按照干部管理权限，办理科以下干部因私出国政审事项；拟订年度巡视工作计划，组织开展巡视工作；组织实施本系统思想政治工作。
（10）教育科
组织实施本系统精神文明建设、税务文化建设和基层建设；拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估；承担系统普法工作。
（11）监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；监督检查本系统各单位、各部门及工作人员贯彻执行党的路线方针政策和遵守国家法律法规、部门规章等情况；监督检查本系统各级领导班子及其成员贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况；组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本系统工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本系统工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
（12）大企业和国际税务管理科
承担对大型企业提供纳税服务工作；承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作；承办汇总（合并）纳税企业税收日常检查工作；承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的具体执行工作；组织落实非居民企业所得税征管制度，处理国家(地区)间的有关税务事项；牵头组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题；管理机关和系统外事工作。
（13）进出口税收管理科
组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法；组织实施出口退税管理工作；监督检查进出口税收政策的执行情况；承担出口货物退免税的审核审批工作；组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查；配合有关部门开展反骗税工作。
机关党办 负责机关和直属单位的党建工作；指导系统党建工作；负责机关精神文明建设和机关人员思想政治工作；负责机关统战工作；指导协调机关工会、共青团、妇委会工作。
离退休干部科 承担机关离退休干部的服务和管理工作，督促、检查、指导本系统离退休干部工作；组织离退休干部工作经验交流，协调本系统离退休干部活动。
