武义县环境保护局作为县政府的专门机构，负责全县环境保护的管理工作，其主要职能包括:
执行国家环境保护方针、政策和法律法规，协调制定与环境保护相关的经济、技术、资源分配和产业政策，并确保其在本县的实施。
负责编制本县的环境保护规划和计划，参与经济社会发展规划，以及资源节约和综合利用等规划，同时参与审核城镇和开发区的环保内容，并管理环境统计和信息发布，定期发布环境状况报告。
监督环境保护标准和技术规范的实施，指导环境管理体系IS014000和有机食品认证，以及环保产品的认定工作。
监督防治废水、废气、固体废物等污染物及噪声、振动等环境问题，管理化学晶环境，处理环境污染纠纷和事故。
管理自然生态环境保护，包括保护区监督、生物多样性和野生动植物保护，以及生态农业建设，负责保护区申报和审查，以及对开发活动的生态影响监督。
实施排污申报、许可证、收费等环境管理制度，审批限额内开发项目和环境影响报告。
组织环境保护目标责任制考核，统一管理流域水污染、城市污染源，如机动车尾气、建设扬尘和油烟。
管理环境监测工作，确保监测制度的执行。
开展环境保护的宣传教育活动，提高公众环保意识。
协助管理国际合作和外资引进的环保建设项目。
执行县委、县政府和上级业务部门交办的其他环保相关任务。