中非关税和经济同盟组织的核心决策机构是国家首脑会议，作为同盟的最高权力机构，每年举行一次，由各国元首轮流担任主席，任期一年。会议的主要议题围绕本地区的共同利益和关注问题，旨在协商并制定适用于同盟的方针和政策。
同盟的日常管理和执行工作则由常设机构管理委员会负责，成员由各国的财政部长组成。执行主席同样由部长们轮流担任，任期一年。管理委员会的主要职责在于执行首脑会议的决策，组织执行各项任务，并在必要时讨论并制定相关政策、法规。通常，管理委员会每年会召开一到两次会议，这些会议通常在首脑会议之前举行，以预备后续的决策和行动。
总秘书处作为同盟的日常运营机构，承担着诸如筹备首脑会议、特别会议或专家会议，编写年度报告，发布法令和公告等职责。总秘书长由首脑会议任命，任期为三年。目前，总秘书处设在中非的首都班吉。其行政预算由首脑会议决定，遵循各国共同分摊的原则。
中非关税和经济同盟 (Customer and Economic Union Of Central Africa——CEUCA) 是非洲地区最重要的国际经济组织之一。该组织成立以来，为促进地区的合作与发展，进行了不懈的努力，取得了令人瞩目的成就。单一货币的发行和统一金融政策的实施，不仅使同盟各国掌握了独立的货币权威，同样也为促进地区经济一体化的建设创造了条件。可以说，这一组织在中部非洲地区和整个非洲大陆的影响都是很大的,发挥的作用也会越来越大。