元培学院（5单元）是多元化教育，主要培养以竞赛及自招为目标的学生；博雅学院（6单元）的学生不参加高考，本科选择出国就读；道尔顿学院（7单元）是北大附中的“国际部”，教学模式及师资与其他学院都有所区别，性质和民办学校差不多，需要交较高的学费；1234单元隶属于行知学院，这里的学生参加高考，123单为理科常规单元，4单为文科单元。行知学院的学生在高三时升入预科部，备战高考。
因为施行选课制，所以不同课程教学班成员不尽相同，但都不超过30人。小班教学目的在于实现课堂的小组讨论和合作交流。同时，因为教学班成员是变化的，便由固定班级固定地点上课变成了变化的教学班组合和不同的学科专业教室，从而形成了走课制。推行走课制，是为保证学生在个人学业规划中有更大的自主权，同时，走课制也打破了固定班级制下只能与有限同学交流的状况，使得学生可以在不同团队中得到更多思想交流。
学分制：依据国家规定，学生需至少获得144学分方可毕业。其中包括国家必修116学分，国家选修至少22学分。校本选修至少6学分。
导师：对学生学习、生活进行个别指导。其职能包括指导学生做好规划与总结；掌握学生学业表现和学生参与各类活动的情况；保持与学生及家长的联系，参与学生综合素质评价，撰写学生学期鉴定等。总之，导师面向每一个学生个体。每位导师跨年级带15名学生，每年级7-8人。
书院长：其职能主要为促进书院自治、传承书院文化、营造书院归属，指导、管理书院议事会，建设及运营书院团队——自治会、四大参赛队伍、各项目组，负责书院活动室的管理，负责以书院冠名或发起的一切活动。总之，书院长面向书院群体。
导师与书院长都不等于班主任。学生考勤、奖惩、各类通知等事务，均由专门设置的考勤室、教导处、信息中心等负责或实现。
总之，导师只面对学生个体负责个性指导而非集体管束。书院长只面向书院群体引领社区自治而非直接管理。
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