运输组织规范化制度体系通常包括以下几个方面内容：
运输管理制度：包括运输组织架构、职责分工、管理流程等，旨在确保物流运输的高效率和合规性。
货运作业规范：涉及货物装卸、搬运、储存、运输等环节的规范标准，以确保货物在物流运输过程中安全可靠。
安全管理制度：包括危险品运输安全管理、交通安全管理等，旨在确保物流运输过程的安全性。
费用管理制度：包括成本核算、费用报销、结算方式等，以确保物流运输过程中费用的透明性和合理性。
环境保护制度：包括废弃物处理、能源利用、污染控制等，以确保物流运输过程对环境的影响最小化。
售后服务制度：包括客户服务、投诉处理、质量反馈等，以确保物流运输服务的优质性和客户满意度。