首先，应该弄明白李贽之前的“儒家思想”指什么。实际上，从春秋末期孔子创立，经战国时期孟子、荀子发展，后经西汉董仲舒发展为新儒学，使其成为封建社会正统思想、传统文化主流思想，到程朱理学、陆王心学的形成，成为官方哲学，这都应该称之为“儒家思想”。正确的讲儒家思想发展到这时候，既有精华，也有糟粕。实际上，孔子创立时期的儒家思想经历朝历代的发展演变，已经面目全非。尤其是宋明理学的形成，理学由客观唯心主义走向主观唯心主义，已经达到了极端，对人们思想的束缚也达到了前所未有的程度。而李贽所反对、所否定的并不是全部的儒家思想，而是其中的某些观点主张、某个阶段而已，具体讲，他所批判的主要是宋明理学所宣讲的以“三纲五常”为核心的封建伦理道德；而且从总体上讲，李贽的思想并没有完全脱离儒家思想体系的窠臼。所以，说“李贽否定儒家思想”是不客观的。
其次，应该弄明白李贽思想所产生的时代背景。李贽所生活的明朝中后期，经济上自然经济仍然占主体，但已经在封建经济的内部孕育出了资本主义的萌芽；政治上专制主义中央集权空前的强化；文化思想上，程朱理学占有统治地位，成为官方哲学，八股取士，文化专制。而经济上商品经济、资本主义萌芽的发展必然要求打破政治上对它的束缚；这种要求又必然首先在社会思想领域反映出来，就是要反对专制集权，要求发展个性。
再次，应该弄明白李贽的思想主张到底是什么？。李贽的思想主张概括起来有以下几点：
1、否定孔孟权威，鞭挞程朱理学。李贽对程朱理学大加鞭挞，否认孔孟学说是万世至论，认为不能将其当做教条随便套用。他反对绝对的思想权威，认为人人都有权做出自己的判断，不应以“四书五经”作为统一的思考标准。
2、随着商品经济的发展，社会逐利拜金风气盛行，传统的道德观念受到猛烈冲击。尊奉礼教的士大夫们鼓吹“存天理，灭人欲”，从思想上扼杀这些叛逆理学的“异端”意识。而李贽则认为人皆有私，“穿衣吃饭，即是人伦物理”，追求物质享受乃是“秉赋之自然”。每个人都可以顺其“自然之性”，“各从所好，各骋所长”，使个性得到自由发展，而不应该被强迫顺从统治者的利益和愿望。
3、提出世界源于“阴阳二气”的观念，否认“天理”的存在。李贽用夫妇生育比喻人类社会发展，提出“万物皆生于两”，源于矛盾着的阴阳二气，而“不生于一”，并非生于“三纲五常”天理。这种“更不言一、亦不言理”的观点，从根本上否定了“天理”的存在，摇撼了“存天理，灭人欲”的理论基础。
4、提出“绝假纯真”的“童心说”，反对礼教的虚伪与官场的欺诈。
5、在诗文写作的风格方面，主张“真心”，反对当时盛行的摹古文风。
从以上几点主张中，我们不难看出，李贽的思想中处处渗透着对传统的礼教，尤其是宋明理学教条束缚的挣脱，以及对个性得到发展的渴望，但是他没有全部否定儒家思想，也就是没有突破儒家思想的框架～
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