根据相关法律法规，中国疾控中心营养食品所对荫士安进行了处分。他因违反规定，被撤销妇幼营养室主任职务，技术职称降为三级研究员，并在三年内禁止主持科研工作，同时被取消博士生导师资格。所党委决定撤销其党内职务，对其进行了纪律处分。
浙江省卫生厅党组对王茵的处理也相当严厉。她被撤销浙江省医科院科技处处长职务，保健食品研究所营养与食品卫生研究室主任一职也被撤销，二级研究员推荐资格被取消，同时丧失院学术委员会委员和院伦理委员会委员资格，未来三年内将无法参与职称晋升评委会。院党委对她进行了党内警告处分。
湖南疾控中心针对胡余明在课题实验现场管理中的失职行为，决定撤销其疾控中心主任助理及科主任职务。胡余明还因管理疏忽受到党内警告处分，以示对其工作的不负责态度的严肃处理。
2012年12月6日，中国疾病预防控制中心、浙江省医学科学院、湖南省疾病预防控制中心联合公布的“黄金大米”事件调查情况通报称，此项转基因试验违反了相关规定、科研伦理和科研诚信，相关责任人已被撤职。上述机构为此次事件造成的不良影响向公众致歉。