根据2005年省教育工作会议精神，在市、区政府的决策
和领导下，做优初中，做精高中。初中办学规模发展到
10轨。适度控制高中发展规模，确保高中生源质量，高
中办学规模一般在10-12轨。
2011年，南京三中合并了南京六中后，组建新的南京市第三高级中学，初中（文
昌校区）发展到15-16轨，高中发展到15轨（12个文化
班+3个艺术班）
2014年，高中部设立国际部。
构建“一校两部四区”的学校管理模式
根据2010年白下区政府有关教育布局调整的决定，从2011年7月起，通过两年的建设和调整，南京三中将建成“ 一校两部四区”的校园布局，即 高中东校区（原六中校区）（高一高二）（白下路193号）、高中西校区白下校区（原三中本部）（高三）（白下路117号）、初中文昌校区（初一初二）（文昌巷63号）、初中金銮校区（初三）（新街口羊皮巷原67中 ）。其中高中部东校区（原六中）主要为高中一、二年级办学点；西校区（原三中本部）为高三年级独立校区。
“一校四区”建成后，全校的教学和办公条件将得到较大的改善，但学校的多校区管理将成为学校管理的新课题。学校综合兄弟学校的实践经历，精心研讨和反复论证，按照“一套领导班子，一套管理制度，统一调配人、财、物，各校区分类管理”的原则，制定学校管理的新办法，形成学校管理的新模式。
国际部中美课程班（VIA）
2014年4月，学校报请南京市教育局批准，正式开设中美课程班。与美国佛蒙特州国际学校（VermontInternationalAcademy（VIA））合作，成立美国佛蒙特州国际学校（VIA）南京市第三高级中学校区，全面引进美国VIA高中课程。为中国高中学生提供优质的国际教育，开启通往世界顶级大学的绿色通道。
【美国佛蒙特州国际学校（VIA）南京市第三高级中学校区课程设置】
美国VIA高中课程班：学制三年。以美国通用核心课程标准为基础，采用纯正美国课程设置和教育教学管理模式，同步使用原版美国教材。VIA三中校区校长和教师由美国佛蒙特州教育部选派的美籍老师担任。学生在就读期间注册美国高中学籍，修满规定课程后，获得全球认可的美国高中毕业证书，可直接申请美、加、英、澳等英语国家的大学。该项目已列入南京市2014年中招计划，面向全市招收应届初中毕业生40人
【美国佛蒙特州国际学校（VIA）】
美国佛蒙特州国际学校，英文全名是VermontInternationalAcademy（VIA）。是由佛蒙特州教育部特别批准的、佛蒙特州教育联委会承办的首个具有向海外颁发美国高中文凭资质的美国私立高中。VIA提供全球最优质的美国高中课程，旨在培养出全面发展、具有社会责任、创新、沟通技能等核心价值及综合能力的优秀国际学生。这几年，美国佛蒙特州国际学校已与上海、天津知名高中合办分校区，南京市第三高级中学是美国佛蒙特州国际学校在江苏省的第一个分校区。
