《全辽志》之“广宁前屯卫境图”孙承宗虽身为大学士、天启帝师、辽东经略，且功绩显著，但因为得罪魏忠贤，微有疏失，而遭到阉党排挤，便借病辞职回乡。他的辽东经略职务，由高第替代。然而，高第同孙承宗相左，色厉内荏，畏敌如虎，折辱将士，撤防弃地。他命尽撤锦州、右屯、大凌河、宁前诸城守军，将器械、枪炮、弹药、粮料移到关内，放弃关外土地400里。锦州、右屯、大凌河三城，为辽东明军的前锋要塞，如仓皇撤防，使已兴工修筑的城堡弃毁，布置戍守的兵卒撤退，安顿垦耕的辽民重迁，收复200里的封疆丢失
宁远古城
一些官员对高第的盲目撤退不满，纷纷上书抗争。管锦右粮屯通判金启倧呈照：“锦、右、大凌三城，皆前锋要地。倘收兵退，既安之民庶复罹（lí）播迁，已得之封疆再沦没，关内外堪几次退守耶？”袁崇焕力争：兵不可撤，城不可弃，民不可移，田不可荒。他引据金启倧的《呈照》，向辽东经略高第具揭道：
兵法有进无退，锦、右一带，既安设兵将，藏卸粮料，部署厅官，安有不守而撤之?万万无是理。脱一动移，示敌以弱，非但东奴，即西虏亦轻中国。前柳河之失，皆缘若辈贪功，自为送死。乃因此而撤城堡、动居民，锦、右摇动，宁、前震惊，关门失障，非本道之所敢任者矣。
袁崇焕在揭言中坚信：锦州、右屯、大凌河“三城屹立，死守不移，且守且前，恢复可必”。就是说坚决防守，边守边进，已失土地，必定恢复。
经略高第凭藉御“赐尚方剑、坐蟒、玉带”的势焰，又有阉党作后台，不但执意要撤锦州、右屯、大凌河三城，而且传檄撤宁（远）前（屯）路防备。宁前道袁崇焕决心身卧宁远，保卫孤城，他斩钉截铁地表示：
宁前道当与宁、前为存亡！如撤宁、前兵，宁前道必不入，独卧孤城，以当虏耳！
袁崇焕只是一个“宁前道”的小官，朝中没有后台，居然敢于违抗兵部尚书、蓟辽经略高第的旨意，实属大胆。不过从他以后敢说5年平辽的大话，不卖皇帝的帐敢于擅杀毛文龙来看，其本性大胆是一贯如此的。
高第无可奈何，只撤锦州、右屯、大凌河及松山、杏山、塔山守具，尽驱屯兵、屯民入关，抛弃粮谷10余万石。这次不战而退，闹得军心不振，民怨沸腾，背乡离井，死亡塞路，哭声震野。
宁前道袁崇焕既得不到兵部尚书、蓟辽经略高第的支持，又失去其座师大学士韩爌和师长大学士孙承宗的奥援，在关外城堡撤防、兵民入关的极为不利情势下，率领一万余名官兵孤守宁远，以抵御后金军的进犯。
敌酋汗努尔哈赤在占领广宁后的四年间，做了一件大事，就是迁都沈阳。天启五年（1625年），努尔哈赤将都城由辽阳迁到沈阳。后金都城的西移，表明努尔哈赤要进一步巩固在辽沈地区的统治，进而对明朝做出更大的举动。但是，他虽派兵攻夺旅顺，并未大举进攻明朝。这时他忙于巩固其对辽沈地区的治理——整顿内部，移民运粮，训练军队，发展生产，施行社会改革，镇压汉民反抗。同时，更由于孙承宗、袁崇焕等防务工作井然有序，无懈可击，没有太大把握，不敢轻举妄动。因此，努尔哈赤蛰伏不动，等待时机。善于待机而动的努尔哈赤，曾值熊廷弼下台之机，夺占沈、辽；这次又得到孙承宗罢去、高第撤军向关内、宁远孤守的哨报，决定攻打宁远城。
宁远古城祖氏碑坊
后金军要大举渡河的军情被明军探得。天启六年即天命十一年（1626年）正月初六日，经略高第奏报：“奴贼希觊右屯粮食，约于正月十五前后渡河。”果然，后金大军渡辽河，向西扑来。此后，初十日，努尔哈赤从十方堡出边，前至广宁附近地方打围。十二日，回到沈阳。努尔哈赤当即吩咐各牛录并降将，每官预备牛车30辆、爬犁30张，每人要靰鞡3双，还要各炒米3斗。就是要官兵预备牛车、爬犁、鞋子、干粮等。他做好准备，便率师出征。
正月十四日，敌酋努尔哈赤率诸王大臣，统领6万大军，号称20万，往攻宁远。十七日，西渡辽河。八旗军布满辽西平原，清官书称其前后络绎，首尾莫测，旌旗如潮，剑戟似林。八旗劲旅，雄伟壮观，军容强盛，扑向宁远。
后金兵渡辽河，警报驰传明朝，举国汹汹，人心惶惶。兵部尚书王永光“集廷臣议战守，无善策”。明经略高第和总兵杨麒，闻警丧胆，计无所出，龟缩山海关，拥兵不救。道臣刘诏等要统兵2000出关应援，高第令已发出的兵马撤回；李卑援兵蜷缩在中后所，李平胡的援兵不满700人，又退到中前所。所以在宁远紧急关头，“关门援兵，并无一至”。袁崇焕既后无援军，又前临强敌：八旗军连陷右屯、大凌河、锦州、小凌河、松山、杏山、塔山、连山等八座城堡。原驻守军都早已撤到关内，后金兵如入无人之境，未遇抵抗，直奔宁远。
袁崇焕驻守孤城宁远，城中士卒不满2万人。但城中兵民，“死中求生，必生无死”，誓与城共存亡。他面临紧急态势，上奏疏，表决心：“本道身在前冲，奋其智力，自料可以当奴。”他采纳诸将的议请，做了如下守城准备：
第一，制定兵略，凭城固守。宁远战前，彼己态势，强弱悬殊。袁崇焕前临强敌，后无援兵，西翼蒙古不力，东翼朝鲜无助，关外辽西，宁远孤城，只有扬长避短，凭坚城以固守。他尝言：“守为正著，战为奇著，款为旁著。以实不以虚，以渐不以骤。”他汲取抚（顺）、清（河）、开（原）、铁（岭）、沈（阳）、辽（阳）、西（平）、广（宁）失守的惨痛教训，不出城外野战，决意凭城坚守，拚死固守。敌诱不出城，敌激不出战。袁崇焕守卫宁远的要略是：孤守、死守、固守。
第二，激励士气，画地分守。袁崇焕偕总兵满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可纲纲，《明史·何可纲传》、《明史·庄烈帝纪》、《明史·丘禾嘉传》、《明史·刘光祚传》、《明史·马世龙传》均作“纲”；《明史·袁崇焕传》作“刚”。，通判金启倧等，集将士誓死守御宁远。他“刺血为书，激以忠义，为之下拜，将士咸请效死”。又部署官兵，分城防守，画定责任：总兵满桂守东面，副将左辅守西面，参将祖大寿守南面，副总兵朱梅守北面；满桂提督全城，分将画守，相互援应。袁崇焕则坐镇于城中鼓楼，统率全局，督军固守。
第三，修台护铳（chònɡ），布设大炮。袁崇焕在宁远城上，实施“以台护铳，以铳护城，以城护民”的部署。他在宁远城设置红夷大炮（红衣大炮）即西洋大炮。红夷大炮为葡萄牙制造的早期加农炮，具有炮身长、管壁厚、射程远、威力大的特点，是击杀密集骑兵的强力火炮。先是从澳门先后购进红夷大炮4门、又购进26门，共30门，其中留都城18门、炸毁1门、解往山海11门。敌兵逼临，袁崇焕采用茅元仪、王喇嘛等建议，将西洋大炮11门入城，制作炮车，挽设城上，备足弹药，训练炮手。由在京营中受过葡萄牙人训练的孙元化、彭簪古等官员，培训炮手，加以使用。这11门西洋大炮架设在宁远城上，成为袁崇焕凭城用炮退敌的最新式的强大武器。
第四，坚壁清野，严防奸细。袁崇焕令尽焚城外房舍、积刍，转移城厢商民入城，转运粮料藏觉华岛。又以同知程维楧率员稽查奸细，“纵街民搜奸细，片时而尽”；派诸生巡守街巷路口。在宁远城中，没有“叛夷”，也没有奸细。先是，在辽东的诸城——抚顺、清河、开原、铁岭、沈阳、辽阳、广宁，都是由于“内应外合”才失陷的。而“宁远独无夺门之叛民，内应之奸细”。
第五，兵民联防，送食运弹。袁崇焕令通判金启倧按城四隅，编派民夫，供给守城将士饮食。又派卫官裴国珍带领城内商民，运矢石，送弹药。在宁远城的防卫过程中，袁崇焕能军民一体，相互合作，同命运，共生死，整个宁远军民同心同力，共同守卫宁远城、抗御后金进犯。
第六，整肃军纪，以静待动。袁崇焕严明军纪，派官员巡视全城，命对官兵乱自行动和城上兵下城者即杀。官兵上下，一心守城，“以必一之法，则心无不一，此则崇焕励将士死守之法。其所以完城者，亦在此”。他又从后金细作处，获取谍报。一切准备就绪之后，偃旗息鼓，以静待敌。
第七，重金赏勇，鼓励士气。他一向重视对官兵的奖赏，特别在战况紧急之时，命取库银11100余两，放在城上。袁崇焕宣布：官兵有能中敌与不避艰险者，即时赏银一锭，奖励勇敢退敌者。
第八，防止逃兵，预先布置。他下令前屯守将赵率教、山海关守将杨麒，凡是宁远有兵将逃向前屯、山海关，抓住斩首，以肃军纪。当时，山海关由辽东经略高第镇守，山海关总兵杨麒也是不归他管。他的职权本来只能管到宁远和前屯。军情紧急，他就越权。
战略意义：远眺觉华岛（今菊花岛）
觉华岛具有重要的价值。
第一，位置冲要。觉华岛悬于辽西海湾中，距岸18里，离宁远30里，居东西海陆中逵，扼辽西水陆两津。觉华岛早在唐代，已为开发，港口著名，其北边海港，称为靺鞨口，已为岛上要港，出入海岛咽喉。明朝军用粮料，储之海岛，觉华岛成为明军的一个囤积粮料的基地。孙承宗既经营宁远城之筑城与戍守，又经营觉华岛之囤粮与舟师。
觉华岛(菊花岛)
第二，囤积粮料。芝麻湾（止锚湾）、笔架山、觉华岛为明军辽西海上囤积粮料的重要基地。明广宁失陷后，御守重在宁远城，粮储则重在觉华岛。觉华岛有一主岛和三小岛——今称磨盘岛、张山岛、阎山岛，共13?5平方公里，其中主岛12?5平方公里。主岛“呈两头宽，中间狭，不规则的葫芦状，孤悬海中”。这座囤粮城，依据踏勘，简述如下：“觉华岛明囤粮城，今存遗址，清晰可见。城呈矩形，南北长约500米，东西宽约250米，墙高约10米、底宽约6米。北墙设一门，通城外港口，是为粮料、器械运输之通道；南墙设二门，与‘龙脖’相通，便于岛上往来；东、西墙无门，利于防守。城中有粮囤、料堆及守城官兵营房遗迹，还有一条纵贯南北的排水沟。”
第三，设置水师。明朝于觉华岛，在广宁失陷前，“独金冠之水兵运艘在”。孙承宗出关前，即令龙、武两营，分哨觉华岛的防卫。不久以国宁督发水兵，在觉华岛守卫。明觉华岛的水师，仍由游击金冠统领。其作用：一是守卫岛上的粮料、器械；二是配合陆师进图恢复辽东失地；三是策应宁远之城守——正如文献记载：“以筑八里者筑宁远之要害，更以守八里之四万当宁远之冲，与觉华岛相犄角。而寇窥城，则岛上之兵，旁出三岔，烧其浮桥，而绕其后，以横击之。”
