即大雄宝殿，唐朝时称为“金堂”，史出《佛祖统计》：东汉明帝“夜梦金人，感梦求法”的典故。大雄宝殿即是正殿，或称大殿。大雄是称赞释迦牟尼佛威德高上的意思。"大雄"表示佛的智慧、法力雄厚无边。这
里主要供奉以空间为主的横三世佛，即中间"娑婆世界教主释迦牟尼佛"，结跏趺（读jiafu，盘腿而坐，脚背放在股上，是佛教徒的一种坐法）坐，这是佛说法相；左边"东方净琉璃世界教主药师佛"，结跏趺坐，左手持药器，右手施无畏印，表示佛在告诉众生，不要畏惧生死，佛的智慧能帮助众生战胜畏惧生死的烦恼；右边"西方极乐世界教主阿弥陀佛"（阿弥陀译成汉语为无量寿），结跏趺坐，手结弥陀定印，表示接引众生的意思。 四周为十六尊罗汉。
二、兜率内院兜率是界名或称天名，译作上足、妙足、知足、喜足等，是欲界之天处。佛教中认为欲界六层天中的第四层天，分为内院和外院，其内院为弥勒菩萨之净土，外院则是天众的欲乐处。
这里供奉着七尊佛像，主尊为天冠弥勒，左右胁侍分别为大妙相菩萨和法苑林菩萨，四周为四大天王护法。
三、仁王门相当于一般寺庙中的“三门”，内奉密迹金刚和那罗延金刚，是寺院的守护神，根据佛说仁王护国般若汉罗蜜多经的记载，两金刚因护持佛法有功被封为仁王，故南山寺因仿唐而不称为“三门”，而依两位金刚称为“仁王门”。