截至2013年底，地质所共有职工456人，其中在职职工243人、离休人员15人、退休人员198人。在职职工中，管理人员29人，专业技术人员210人，工勤人员4人。专业技术人员中，两院院士5人，研究员及教授级高工71人，副研究员及高级工程师43人，中级职称及以下91人。在职职工中有博士学位147人，硕士学位29人，本科37人，大专及以下30人。内设机构包括5个职能处室、11个专业研究室、1个国家重点实验室、1个国家级科技基础条件平台、3个部级重点实验室。全国地质编图委员会，核心期刊《岩石矿物学杂志》、4个中国地质调查局业务中心和7个学术机构挂靠在地质所。2013年3月成立人事教育处，安全生产管理处挂靠人事教育处。
2013年，地质所以第一作者公开发表论文230篇，其中SCI、EI检索刊物论文145篇（其中国际SCI检索论文70篇，国内SCI检索论文68篇），核心期刊论文83篇，其他论文2篇。公开出版专著1部；获专利5项。国内论文引用率排名进入全国前20名，两篇国际论文入选2012年中国百篇最具影响国际学术论文。获国土资源科学技术一等奖1项，中国地质调查成果一等奖2项，中国地质科学院2013年度十大科技进展2项，青藏高原青年科技奖1项。
中国岩石圈三维结构获2013年度国土资源科学技术一等奖
翟庆国获2013青藏高原青年科技奖
所长、党委副书记侯增谦（右二），党委书记、副所长何长虹（左二）,副所长高锦曦（右一），副所长卢民杰（左一）
领导班子由4人组成，所长、党委副书记侯增谦，党委书记、副所长何长虹，副所长高锦曦，副所长卢民杰。
年度重要科研成果
出版新的图件，影响力不断增强。1∶500万国际亚洲地质图（IGMA5000）正式出版。完成全国油气基础地质编图，包括1∶500万中国大地构造与含煤盆地分布图、1∶500万中国早古生代板块构造图、1∶1200万中国古生代重点含油气层系岩相古地理图、1∶1200万中国主要含油气盆地烃源岩和储集层分布图等。
完成海南、福建、山东、辽宁、安徽、陕西、湖南、江西、贵州、河北、宁夏等11个省（区）区域地质志、系列图件的编制和数据库建设工作。完成评审验收9个省（区）系列地质图件（包括1∶50万、1∶100万地质图、地质构造图、岩浆岩地质图、变质岩地质图、第四纪地质与地貌图、航磁异常图、重力异常图、岩相古地理图等）共计72幅。
1∶500万国际亚洲地质图
青藏高原及周边造山与成矿研究获得新进展。青藏高原大陆动力学及资源环境效应研究取得系列成果。提出的“青藏高原是一个由巨型造山拼贴体组成的造山的高原”的论点获得大量新的证据。进一步论证蛇绿岩的深地幔成因，并提出“蛇绿岩型金刚石”新类型和深地幔动力学模式。揭示青藏高原东南部基底经历5期重大事件。建立了高喜马拉雅三维动力学模式。提出青藏高原东南缘古新世中期至中新世早期形成的“抽屉式滑脱—转换”逃逸新机制。突破探测技术瓶颈，获取了青藏高原腹地巨厚地壳Moho的强反射信息。
天山—兴蒙造山带研究取得系列成果。天山—兴蒙造山带计划项目顺利完成，提出了该区地壳构造单元划分的新方案，对阿拉善—敦煌地块构造属性等问题提出了新认识；修正了崇礼县红旗营子乡红旗营子群等一些地质体的时代；按照大陆演化旋回的观念，编制了中国北方及邻区地壳构造格架图和构造分区图。系统总结研究天山—兴蒙造山带花岗岩与成矿背景。编制完成亚洲中生代花岗岩图，揭示多种构造背景。“兴蒙造山带主要中生代沉积盆地演化与能源潜力综合调查研究”将研究区中生代沉积盆地划分为五个演化阶段；识别出两个巨型陆相沉积盆地；提出晚中生代东亚地区存在一个大的以恐龙为主的脊椎动物群，中、晚侏罗世研究区存在适宜脊椎动物等生物群生存、繁衍的理想古生态环境。
地层学、古生物学研究有新突破。发现多瘤齿兽类哺乳动物化石,在《Science》报道；发现一新的基干镰刀龙类恐龙化石，成果发表在《PLOS ONE》；发现目前已知个体最小的窃蛋龙类化石，命名为迷你豫龙，并在《Nature》发表；在贵州省紫云县火花乡发现一条新的泥盆系—石炭系界线剖面，建立了中国不同相区的泥盆—石炭系界线标准；提出全球中元古界底界年龄统一为1700Ma的方案，解决了中元古界地层划分对比年代不统一的“世界性难题”；在内蒙古发现了晚古生代末—中生代早期枕状玄武岩；新疆西准噶尔北部谢米斯台山南坡新厘定出一套蛇绿岩；在铜陵钻孔取得的岩心中发现了石炭纪辉绿岩，年龄为304Ma。
多瘤齿兽类哺乳动物化石
在《PLOS ONE》报道基干镰刀龙类恐龙化石发现
在《Nature》发表迷你豫龙发现
同位素技术应用及标准物质研究有新进展。完成了我国主要类型地质体的铁同位素组成调查，查明了不同圈层和主要岩石类型的铁同位素分布特征，初步建立了铁同位素示踪的参考体系；对代表性矿床进行了地质地球化学及铁同位素解剖，揭示了各类铁矿不同含铁矿物的铁同位素组成特征，提出运用铁同位素示踪铁矿化的理论模型。成功选定了用于研制氩同位素定年标准物质的样品源；制备了TG1104白云母样品备选标准物质；完成了钕同位素备选标准物质研制，并申报国家一级标准物质。
积极参与找矿突破战略行动。在雅鲁藏布江缝合带西段普兰岩体中首次发现了同时存在的高铬型和高铝型铬铁矿。在天津蓟县发现原生菱铁矿。指导青海多才玛铅锌矿取得找矿突破，通过开展构造岩相填图，解决了赋矿规律问题，通过大地音频地矿测深，解决了矿体定位，提交了“钻探建议报告”，该矿段的铅锌资源量由原来的76万吨增至259万吨，新增铅锌资源量181万吨。
此外，利用多深度地震观测设备，在东海地壳运动长期观测站观监测到朝鲜第三次核试验的地震记录。国际矿物学会2013年新批准氮化硼（BN）新矿物，命名为青松矿（青松矿（Qingsongite）是为了纪念方青松研究员（1939-2010）而命名）。
青松矿显微结构