以上海市为例，增值税发票过期未认证可以按照以下方法办理：
一、对符合条件的纳税人可直接向主管税务机关索取《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》（以下简称：申请单）和逾期增值税扣税凭证电子信息格式（以下简称：电子清单），填妥后需同时向主管税务机关申报纸质和电子文件。
二、纳税人应对逾期原因进行书面说明，并承诺其真实性及尚未进项抵扣，并提供相应的证明；如证明件属多用途的，应分别提供原件和复印件，复印件上需注明“与原件一致”并加盖企业公章，主管税务机关核对后返还原件。
三、主管税务机关受理申请后，应对申请单进行编号管理，编号规则为：税务识别码前六位+四位年号+四位顺序流水号。
四、主管税务机关应对相关抵扣凭证是否已申报抵扣或已失控等情况进行审核，发现不符合规定的，除电子文件外，应将申请资料退回纳税人，并告知原因。
五、主管税务机关审核后，应在申请单核对资料栏填写税收管理员、税务所、税政部门和分管局长的审核意见，随正式文件及其他资料一并上报市局货物和劳务税处，如遇企业申请较集中的，主管税务机关可分批汇总上报，由市局统一按规定上报国家税务总局审批。
六、经批准的纳税人可按规定计算抵扣增值税。
扩展资料：
根据《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》：
第一条、增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证（包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和机动车销售统一发票）未能按照规定期限办理认证、确认或者稽核比对的。
经主管税务机关核实、逐级上报，由省国税局认证并稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。
第二条、客观原因包括如下类型：
（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
（六）国家税务总局规定的其他情形。
参考资料来源：国家税务总局上海市税务局-关于下发《逾期增值税扣税凭证抵扣管
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