二者是不同部门发的，性质不一样，作用也不一样。
药剂师证在卫生部门管辖的药品使用单位用---也就是医院、门诊、诊所等，执业药师在药监部门管辖的药品生产经营企业使用----即药厂、医药公司和药店。目前一般药剂师证只能在所在省内使用，执业药师在可全国使用。
执业药师，或称药师，是负责提供药物知识及药事服务的专业人员。药剂师是药物的专家，同时是解答市民大众有关药物问题的最适当人选。药剂师负责监察医生所处方的数种药物中有否出现药物相互作用;并根据病人的病历、医生的诊断，为病人建议最适合他们的药物剂型(如:药水、药丸、塞肛药等)、剂量(如:老人、肝病或肾病患者或需根据病情)。
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