一、管理制度方式不同。
由于其灵活性，管理制度和方式会与公办上面有很大的区别。比如在制度的另加和制定上面，民办院校可以切身的根据自己的情况来制定适合自己学校情况的制度和管理方式。
二、师资上面的差别
公办院校与民办的区别还在于师资上面的不同，公办院校的师资一般要比民办的好，而且好很多，这点是由于其学校性质所决定的。
公办可以享受的师资待遇与民办的自聘自费是有很本质的区别，也是很多家长所顾忌和顾虑到的，就目前的情况来说，民办的师资短板已经在渐渐的缩短了。
三、社会大众的看法
民办的本科，大部分是三本院校，好一些的是二本院校；一般来说，民办的学生在高考时成绩的不算太好。在毕业时虽然同是本科学历，都拥有学士学位，但是这难免会有一些人的有色对待，这点在现实中是比较常见的。
四、办学性质不同
民办本科和公办本科存在办学性质不一样，学历证书都统一由国家教育部颁发，学校无权颁发学历证书，其本科毕业证和学士学位证书都可以在教育部网站查实。
五、组织不同
公办大学，是指由国家举办的学校，其办学经费全部来自国家财政拨款。而民办高校是指企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办高等学校。
参考资料来源：百度百科-公办本科
参考资料来源：百度百科-民办本科
很多学生在高考之前没有了解过填报志愿的事情，所以真正到了填报志愿的时刻，大家都有很多的疑惑。比如，很多人就不知道民办本科和公办本科到底有什么样的区别。
首先，民办本科和公办本科办学的主体资质是不一样的。公办本科主要是国家财政投资，而民办大学不是由国家财政投资的，主要由社会团体出资建立的。
其次，民办本科和公办本科用于办学的经费是不一样的。由于公办大学是以国家财政为支撑的，不管是师资力量还是学习环境都是一流的。相较于民办本科，公办本科有着资金的先天优势。很多公办本科还有国家重点实验室、博士点、硕士点等加持。由于民办本科主要是由个人或者是社会团体出资，资金方面没有公办本科那么多。资金投入少，是限制学校发展的主要原因。
还有，公办本科和民办本科在招生质量方面也是有很大的不同的。公办大学一般都是一本二本批次招生，所以公办大学的招生质量是很优越的。但是很多民办大学都是在二本三本批次招生，那么相较于公办大学的招生质量，是比较差的。很多家长和学生在填报志愿的时候，都会去了解一下大学是公办还是民办。只要学生是有选择的，大多数学生都会选择公办大学，这样更有利于今后的发展。从一些统计结果来看，公办大学的成就显然要高于民办大学。同时，公办大学和民办大学培养人才的目标也是不一样的。在公办本科大学中，有很多大学都是学术性大学，还有一些大学是双一流建设大学。同时，还有很多的应用型大学。而民办大学主要把精力放在培养应用型人才上面。