二者各有特点，主要区别是，主要院系不同、属性不同、学校类型不同、创办时间不同，具体如下：
一、主要院系不同
主要院系：基础医学院、临床医学院、口腔医学院、公共卫生学院、护理学院、儿科学院等。
2、复旦大学医学院
主要院系：基础医学院、药学院、公共卫生学院、临床医学院、护理学院等。
二、属性不同
1、上海交通大学医学院
211工程、985工程、双一流、卓越医生教育培养计划。
2、复旦大学医学院
世界一流大学建设高校、985工程、211工程。
三、学校类型不同
1、上海交通大学医学院
学校类型：医药类。
2、复旦大学医学院
学校类型：医科。
四、创办时间不同
1、上海交通大学医学院
创办于1896年（丙申年）。
2、复旦大学医学院
创办于1927年。
参考资料来源：百度百科-上海交通大学医学院
参考资料来源：百度百科-复旦大学医学院
2015年的时候，确实有二医逐渐追赶上医的趋势。2019年再看这个问题，长期更看好的应该是上医。
首先，从18年底起，上医已经恢复厅级建制了。这是从2005年开始，第一次和二医一个行政级别。教育部、上海市、卫生部共建，资源经费等比以前会多很多很多。现在开始，上医拿到的资源才勉强追上二医。（但是二医综合性医院还是多很多)
反过来再看交大，二医的靠着交大派系，狂拉经费狂要医院吃红利的那段时期已经快过了。（你懂得上海市政府的交大派系2333）
况且二医临床排名上爬，主要是靠着从上海市政府要的一堆医院发文章灌水升起来的，自己医学院整体水平么，可能并不能自称上海（甚至部分人，认为是全国）第一吧。（二医自己应该有b数的吧）。二医除了这几年的临床，其他方向还是很孱弱的，学科评估有b有c，实在不是一个所谓顶尖医学院的表现。我们在讨论一个东西是否好的时候，不仅仅要看总量，也要看平均啊。说医院的话，除了瑞金，交大那些综合性医院是怎么也不能和中山华山相提并论的（虽然数量多），专科医院更是追不上的。
再来看看学科评估。这是所谓的从2005起碾压式发展的二医2017的学科评估
这是从2000起被复旦折腾的上医2017的学科评估
讲真，资源吊打了上医13年（2005 - 2018），二医最终也不过是靠着一堆医院发文挂名把临床刷上去了，综合看整个医学院的底蕴与实力，实在是还差的太多。
且二医临床医学一定比上医好么？不同排行榜也有着不一样的结果吧。下图是2018年的临床医学专业排行榜。
下图是2018年教育部发布的专业学位水平临床医学评估
这些排行，上医临床都是要比二医高的。
上医修好了楼，多拿了点地，恢复了厅级建制，又正在筹备新的医院，并把自己的医疗资源开始往外地输出（厦门、青岛等）。在教育部、卫生部、上海市、复旦四方未来的支持下，相信上医很快就能恢复江南第一医学院的荣光。
另外，对那些将来高考纠结上医和二医的同学说两句，选择了二医基本你就只选择了二医，但是选择了上医，你选择的是上医+复旦。二医除了大一在闵行上课，后面就再也不去闵行了，甚至选课系统都是分开的，交大很多课你也不能选，选二医你就只能后面一直在二医那个小校区里了，你根本就没机会认识多少交大的同学。而在上医，复旦所有的课程都会向你一直开放，你不仅仅能感受到上医正谊明道的医学情怀，更能够在复旦浓厚的人文气息中去思考更多关于社会关怀、究竟为何行医这些问题。此外，复旦强势的理学会为你打下很好的、受益终身的基础知识。这些都是在交大整体工科氛围中接受不到的东西。很多人也许不在乎这些，但长远来看，这不可否认是对一个医生在人格思想上极好的塑造。好的医生当然要有高超的医学水平，但是人文关怀也非常重要，甚至可以说是更重要的。
复旦医学院在被合并前是上海医科大学，交大医学院的前身是上海第二医科大学。两者在被合并之前，确实是上医大实力比上二医强一些。但合并后至今，交大医学院的实力已经迅速超过了复旦医学院，不仅临床医学和口腔医学继续比复旦强，基础医学也和复旦不相上下。
最新的医学院排名中，北大医学部全国第一，协和医科大学第二，交大医学院第三，复旦医学院第四，排名也真实反映了医学院改革的成效和走势。由于复旦合并了上医大后，强制拆分成好几个平级院系，实力大打折扣是事实，而交大医学院却继续稳步发展中，以后两者的差距只会越来越大。
附属医院方面，交大也好于复旦，交大附属医院基本均为三甲医院，上海评级最好的医院也是交大附属瑞金医院，再加上仁济、新华等，三甲数量明显超过复旦所有的中山华山。
而就招生而言，交大北大清华都是采取医学院与本部录取分分开的方式，医学院录取分比本部低好几分都是很正常的，几年招生下来效果非常好，反观复旦医学院与本部同分录取，反而将医学搞得发展停滞不前。从今年开始复旦医学院也要和本部分开录取分数线了，这是回归正途的举措。
总之，交大医学院更好。本回答被提问者采纳
实际的排名，协和招生规模太小，不具可比性；北医、上医是一个档次，然后是上二医和中山，再后面是原华西医大（现川大医学院）、原同济医大（现华中科大医学院）、湘雅医学院（现中南大学医学院）等等。
另外，就招生分数而言，复旦医学院和复旦大学是一个分数线，而上二医的分数线是和交大分开招生的，比交大本部的分数线要低几十分。
复旦医学院大一在杨浦的复旦本部，之后都在徐家汇旁边的医学院校区；交大的是闵行东川路那边的闵行校区和市内卢湾区建国西路跟南北高架交界那里。
实际的排名，协和招生规模太小，不具可比性；北医、上医是一个档次，然后是上二医和中山，再后面是原华西医大（现川大医学院）、原同济医大（现华中科大医学院）、湘雅医学院（现中南大学医学院）等等。
另外，就招生分数而言，复旦医学院和复旦大学是一个分数线，而上二医的分数线是和交大分开招生的，比交大本部的分数线要低几十分。
复旦医学院大一在杨浦的复旦本部，之后都在徐家汇旁边的医学院校区；交大的是闵行东川路那边的闵行校区和市内卢湾区建国西路跟南北高架交界那里。