工程保证担保涉及三方契约关系：承担保证的一方为保证人，主要包括从事保证担保业务的保证担保公司、银行、保险公司等；接受保证的一方为权利人，或称受益人、债权人；对于权利人具有某种义务的一方为被保证人，或称义务人、债务人。
建设工程合同中，当事人的一方为了避免因对方原因而造成的损失，往往要求具有合格资信的第三方为对方提供保证，即通过保证人向权利人提供保证担保，倘若被保证人不能履行其对权利人的承诺和义务，以致权利人遭受损失，则由保证人代为履约或负债赔偿。
1、要求承包商提供的工程保证担保
（1）投标保证担保
投标保证担保是保证人保障投标人正当从事投标活动所做出的一种承诺，其有效期通常比投标书的有效期长达28天。投标保证担保金额应为标价总额的1%-2%，对于小额合同可按3%计算，在报价最低的投标人很有可能撤回投标的情况下，投标保证担保金额可以高达5%。投标人应在规定的时间内，将投标书连同投标保证担保一并送交招标人。开标之后，业主应将没有中标的投标人的投标保证担保迅速予以退还。工程签约后，也应退还中标人的投标保证担保。
投标保证担保包括两种做法：
一种做法是由专业保证担保机构提供投标保函，一旦出现下列情况，专业保证担保机构将按照合同规定的投标保证担保金额对于业主进行赔偿：投标人在投标有效期到期之前撤销投标；中标人在规定时间内，未能或拒绝提供规定的履约保证担保；中标人拒绝在规定的时间内与业主签署合同。
此外还有一种做法，在投标报价之前，投标人按要求直接向业主交纳投标保证金，以此保证一旦中标，将履行签约承包工程。如果投标人行为构成违约，业主将废除其中标资格，并没收投标保证金。由于这种做法只有业主、承包商双方当事人，并不涉及第三方保证人提供保证担保，因此不能视为一种严格意义的投标保证担保。
投标保证担保的意义在于：承包商要想参与投标，事先必须取得投标保证担保。一方面，由于撤回投标必须承担损失，因此通过投标保证担保，可以促使投标人认真对待投标报价，这样就有效防止了轻率进行投标；另一方面，保证人在为投标人提供投标保证担保之前，必须严格审查资信状况，否则将不会为其提供投标保证担保，这样就限制或排除了不合格的承包商参加投标活动。
（2）履约保证担保
履约保证担保是保证人保障承包商履行承包合同所做出的一种承诺，其有效期通常应截止到承包商完成了工程施工和缺陷修复之日。收到中标通知书和合同书之后，中标人应在规定的时间内，签署合同书，连同履约保证担保一并送交业主，然后与业主正式签订承包合同。当承包商正常完成合同后，业主应将履约保证担保退还给承包商。履约保证包括以下做法：
一种做法是由银行提供履约保函，该保函一般为无条件的（“见索即付”）保函，一旦承包商不能履行合同义务，银行要按照业主的索赔要求，在履约保证金额内对业主进行赔偿。
另一种做法是，由专业工程保证担保公司提供履约保函，保证承包商履行合同义务。如果并非由于业主或不可抗力原因，承包商中途毁约，专业工程保证担保公司将对业主因此蒙受的损失在履约保证金额内进行补偿。专业工程保证担保公司提供的履约保函一般为有条件的保函，即在业主提出索赔时必须提供承包商违约的证明，经保证担保公司核实才承担保证责任。这对于较为复杂的建设工程合同关系来说是较为公正和适用的。同时，保证担保公司提供保证担保强调首先是保证履约，其次才是赔偿。这体现了建立工程保证担保制度的宗旨和要求。一旦发生违约事件，专业工程保证担保公司可以向该承包商提供资金及技术援助以使其继续完成合同；专业工程保证担保公司也可以接受该工程，并经业主同意寻找其他的承包商来完成工程建设；专业工程保证担保公司还可以与业主协商重新招标，由新的承包商负责完成合同的剩余部分。业主只按原合同支付工程款，专业工程保证担保公司将承担最后工程造价与原始合同价格之间的差额部分。如果上述解决方案业主均不满意，专业工程担保公司可按履约保证担保金额对业主进行赔偿。
履约保函金额一般为合同价格的10%-25%，采用英国土木工程师协会ICE和FIDIC的合同条件，履约保函金额一般为合同价格的10%，世界银行项目对于履约保证担保金额通常定为合同价格的25%-35%，美国联邦政府工程则规定履约保证担保金额必须为合同价格的100%。
履约保证担保是工程保证担保中最重要的形式，也是工程保证担保金额最大的一项保证担保，其他的保证担保形式在某种程度上相当于是对履约保证担保的补充。通过履约保证担保，充分保障了业主依照合同条件完成工程建设的合法权益，同时迫使承包必须采取严肃认真的态度对待合同的签约和执行。
（3）付款保证担保
业主通常会要求承包商提供付款保证担保。付款保证担保是保证人为承包商提供的、保证承包商将依照工程进度按时支付工人工资、分包商及材料设备供应商费用的担保形式。付款保证担保有时附于履约保证担保之内，也可通过专门文件进行规定。如果缺少付款保证担保，一旦承包商没有正常付款，债权人有权进行诉讼，致使业主的工程及其财产受到法院的扣押。通过实行付款保证担保，使得业主避免了法律纠纷和管理负担。
（4）保修保证担保
保修保证担保也称质量保证担保，是保证人为承包商提供的、保证在工程保修期（国际上称为缺陷责任期）内出现质量缺陷时，承包商应当负责维修的担保形式。保修保证担保可以包含在履约保证担保之内，这时履约保证担保有效期要相应地延长到承包商完成了所有的缺陷修复；保修保证担保也可以单独出具保函，并在工程完成后以此来替换履约保证担保，这时保修保证担保有效期与工程质量保修期相等。保修保证担保的保证担保金额，一般为合同价格的5%。
实行保修保证担保，对于维护业主的合法权益，具有积极意义；对于促进承包商加强企业内部的全面质量管理，尽量避免质量缺陷的出现，同样具有激励作用和约束作用。
（5）预付款保证担保
业主往往预先支付一定数额的工程款以供承包商周转使用。为了保证承包商将这笔款项用于工程项目建设，防止承包商挪作他用、携款潜逃或宣布破产，需要保证人为承包商提供同等数额的预付款保证担保。随着业主按照工程进度支付工程价款并逐步扣回预付款，预付款保证担保责任随之逐步降低直至最终消失。预付款保证担保金额一般为工程合同价格的10%-30%。
（6）差额保证担保
如果某项工程招标设有标底，通常在中标价格低于标底超出10%的情况下，为了保证按此中标价格不至于造成工程质量的降低，业主往往要求承保商通过保证人对于标底与中标价格之间的差额部分提供担保。当采取合理最低价评标原则时，实行担保差额保证，尤其更能显现出其重要作用。
2、要求业主提供的工程保证担保
要求业主提供的保证担保主要是业主支付保证担保。业主支付保证担保是指业主通过保证人为其提供保证担保，保证业主将会按照合同规定的支付条件，如期将工程款支付给承包商。如果业主不按合同支付工程款，将由保证人代向承包商履行支付责任。
3、反担保
由于保证担保金额很高，而收取的保证担保费一般不足保证担保金额的5%，因此保证人承担的风险是相当大的。被保证人对保证人为其向权利人支付的任何赔偿，均承担对于保证人的返还义务。保证人为了防止向权利人赔付后，又不能从被保证人里获得补偿，可以要求被保证人以其自有资产、银行存款、现金、有价证券或通过其他保证人等提交反担保，作为保证人出具保证的前提条件。一旦出现代为赔付的情况，保证人可以通过反担保追偿因提供保证而导致的经济损失。
不论要求承包商通过保证人提供的工程保证担保，还是要求业主通过保证人提交的工程保证担保，都存在承包商或业主进一步向保证人提交反担保的问题。没有反担保，就没有违约成本的制约，因此，提交反担保是工程保证担保制度的一个核心内容。
综上所述，国际上工程保证担保制度主要包括：要求承包商提供的投标、履约、预付款、保修等保证担保，要求业主提供的业主支付保证担保，承包商和业主都应进一步向保证人提供的反担保。
按照赔付（索赔）条件的有无，保函可分为有条件保函和无条件保函两种：有条件是指担保人的赔付需基于被担保人的违约责任，债权人需证明债务人违约方可获得以实际损失为限的赔偿；无条件是指债权人在提出索赔时，担保人无需确认债务人是否违约，债务人只需按照保函上的索赔程序出示相关文件（表明债务人违约情况的书面索赔要求）即可，担保人在确认债务人提出的索赔时间与金额在保函的有效期和担保金额范围内后，需无条件地付款。厘清两种保函的应用场景，对于工程参建各方而言至关重要。
工程担保中的有条件保函
有条件保函的特点是担保人对保函承担违约风险：一旦债务人违约，则直接与担保人构成利益团体。担保人出于自身利益考虑，会在担保过程中充分调动所有力量，对履约全周期进行动态监控；一旦出现偏离基础合同条款的状况，担保人会督促债务人规范履约行为，以最大化降低违约风险。
就担保内容而言，有条件保函是我国投标担保、履约担保以及质量担保的主要形式。就担保主体而言，建设工程担保公司和保险公司更多采用有条件担保模式：建设工程担保公司作为专业的担保公司，风险管控是其立业之本；保险公司虽是金融机构，但得以在建筑工程质量风险管理机构（TIS机构）的帮助下，完成风险管控与查勘定损工作。
这一模式在美国发展得较为成熟：在美国，保险公司和建设工程担保公司承担了90%以上的建设工程担保业务，相对应的，美国也普遍实行高保额有条件担保（其履约担保和付款担保的保额均为100%）。该模式促使担保人督促债权人严格履约，对于建筑市场的健康发展起到了重要作用：据统计，美国建筑平均寿命达74年，在世界范围内树立起了良好的质量标杆。
工程担保中的无条件保函
无条件保函属于独立保函：根据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》第三条第一款，保函载明见索即付时，独立保函即成立。因此无条件保函独立于基础合同，一经开立便具有独立效力，其效力是无条件的、不可撤销的和见索即付的。
无条件保函的特点是担保人对保函承担承保风险。因此一般而言，鉴于保函的“见索即付”形式，担保人为规避自身风险，往往会采取较为严格的反担保措施。工程担保中常见的反担保措施主要有信用担保、抵押（质押）担保、保证金担保三种，在无条件保函中主要体现为现金质押。
就担保内容而言，“见索即付”机制主要应用于解决工程款拖欠、农民工工资拖欠问题，因此多见于工程款支付担保以及农民工工资支付担保中。就担保主体而言，银行业的运作特性决定了其更多采用无条件担保模式：由于银行普遍缺乏工程风险管理经验，为避免因卷入工程合同纠纷而使自身利益和利益受损，是以广泛采用无条件保函形式。
我国目前采用最多的是低保额无条件担保模式。即由债权人掌握债务人一定比例的资金，而保函的真正作用在于时刻提醒承包商按照合同规定履约。
有条件担保VS无条件担保
从受益对象来看，有条件保函倾向于担保债权人的利益，如在投标担保中保护招标人利益、在履约担保和质量担保中保护业主的利益。无条件保函倾向于担保债务人的利益，如在农民工工资支付担保中保护农民工利益、在工程款支付担保中保护施工企业利益。
从担保效果来看，有条件保函的担保人需为债务人的发展提供必要的支持，以帮助其提高履约能力；在债务人未完全履约时，担保人也会向债务人提供资金或技术等方面的支持帮助其继续完成合同义务。见索即付的特殊性避免了债务人提出各种原因来对抗索赔请求，可以确保债权人权益不至因合同纠纷而受到损害；但担保人只负责在担保额度范围对债权人进行经济赔偿，并不能保证债务人继续履约。
另外从公平性角度而言，有条件保函模式由于有利益关系牵制，相对而言更为公平；无条件保函模式下业主方可以提出不公平索赔要求，对承包商可能造成不利。
体现在保单中，两者主要表现为这一差异：无条件保函仅在保单中约定赔付时限，而不要求索赔依据；有条件保函则在保单中载明索赔需提供的证明材料，并约定材料审核时限以及赔偿金支付时限。
当前，在我国信用体系建设落后、工程建设领域信用评价机制尚不成熟的大环境下，低保额无条件保函是现实之选。而随着建筑市场接轨国际脚步的加快，以及工程担保主体实力的不断增强，我国将逐渐提高担保综合性，更为因势利导地开展工程担保工作。