企业职工缴纳的大额医疗保险不能免征个人所得税。
根据财税〔2006〕10号文件第一条：
企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。
企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
因企业职工所缴付的大额医疗保险不属于国家规定或省市规定的基本医疗保险，费用一般超过基本医疗保险费，因此需要将大额医疗保险费的超过部分计入职工当月的工资、薪金所得进行个人所得税的征收。