南京的大学主要有：
1、南京大学
南京大学肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等历史时期，1950年更名为南京大学。1952年，调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。2011年，教育部和江苏省签署协议继续重点共建南京大学。
2、东南大学
东南大学，简称“东大”，本部位于南京，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，中央直管副部级建制，是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校，为“建筑老八校”、卓越大学联盟、长三角可持续发展大学联盟、中英大学工程教育与研究联盟、中俄工科大学联盟、碳中和世界大学联盟成员。
3、南京农业大学
南京农业大学坐落于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学；位列世界一流学科建设高校、211工程、985工程优势学科创新平台，是“双一流”农科联盟、高水平行业特色大学优质资源共享联盟、CDIO工程教育联盟成员单位。
4、河海大学
河海大学，是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学，是国家首批具有博士、硕士、学士三级学位授予权的单位，是国家“世界一流学科建设高校”，国家“211工程”重点建设、”985工程优势学科创新平台“建设以及设立研究生院的高校，入选国家“111计划”、全国高校实践育人创新创业基地。
5、南京理工大学
南京理工大学位于江苏省南京市，北依紫金山，西临明城墙，是隶属于工业和信息化部，由工信部、教育部与江苏省人民政府共建的全国重点大学，是国家“世界一流学科建设高校“，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校，入选国家“111计划”、卓越工程师教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、新工科研究与实践项目。
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