1、证书性质不同：注册会计师是审计行业未来升职的一个凭证，初级会计师是会计行业的入门证书。注册会计师属于资格类证书，而初级会计师就属于职称类证书。
2、就业方向不同：注册会计师从事的是审计行业，初级会计师从事的是会计行业。初级会计师只能做账，注册会计师既能做账又能审计。
3、报考条件不同：注册会计师报考要求是具有高等专科以上学校毕业学历，或者是具有会计或相关专业中级以上技术职称的人员才能报考。初级会计考试报考的要求是具备国家教育部门认可的高中(中专)毕业以上学历。
4、考试难度不同：注册会计师考试有专业阶段和综合阶段，需要先在连续5个考试年度内通过专业阶段6门考试科目后，再来报考综合阶段。初级会计职称的考试科目为初级会计实务和经济法基础，要求考生一次通过考试。
总结
注册会计师和初级会计师区别在于证书性质、就业方向、报考条件和考试难度不同。