复合肥常用作基肥和追肥。与尿素、硫酸钾等简单肥料相比，复合肥含有多种营养成分，使用方便。农民可以根据作物的生长需要选择不同含量的复合肥但价格比单纯的肥料贵。很多农民在施肥时选择了好的肥料，发现施用效果并不是最好的，甚至有些肥料施用后还是颗粒状的。因为复合肥的正确应用方法经常被农民朋友忽略。常用的施肥方法有撒播、掩埋、冲洗等。
一些农民问复合肥追肥是否可以用水施用。我们用尿素做简单的肥料，往往撒完就开始浇水，有些养分会随水流失，利用率不高。但是这种方法比较省力，所以很多农民都在用。复合肥具有元素含量高、吸湿性低的特点，但有些肥料不溶于水，含有不溶性物质，很少能用作叶面肥。那么，我们能不能申请复合肥就要根据情况决定了。如果方法选择不正确，虽然节省了一些劳动力，但施肥效果会很差。
如果采用水溶性的复合肥的话，易溶于水，可以水洗涂抹，更方便。如果用普通的复合肥不溶于水，用水冲洗吸收率低，会造成肥料浪费。此外，复合肥中还有一些填料。如果采用滴灌或喷灌，使用后容易造成堵塞。所以这种复合肥最好沟施或埋施，或者只作基肥，再浇水，吸收率高，有利于作物生长。也有一些农民说在露地用塑料薄膜种植时，复合肥作为追肥，那么如何用好呢？
用塑料薄膜种植时，穴位贴敷或埋线贴敷的方法非常不方便，一般采用冲洗贴敷的方法。如果使用复合肥的话，最好先将复合肥溶解在水中，然后用肥料溶液用水冲洗，这样就可以用水将养分输送到根系周围，保证肥料的利用率。
而且现在很多种植区都采用滴灌。当使用复合肥时，可以先将肥料溶解在沉淀池中，然后进行滴灌，这样不会灼伤根系，也不会造成滴灌管堵塞。无论用什么肥料，当土壤有一定湿度时，植物都能很好的吸收。所以施肥也离不开浇水。如果直接施用复合肥，既省力又损失肥效，所以施用方法应该是农民应该注意的一点。
2、以作基肥或种肥为主。大量试验表明，不论是二元还是三元复合肥均以基肥施为好。这是因为复合肥中含有磷或钾，作物前期对对磷、钾的反应极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。同时复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等控释工艺，肥效释放缓慢平稳，比单质化肥分解速度慢，养分淋失少，利用率高，更适合于作基肥。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物的需肥规律，在追肥时及时补充氮肥，以满足作物营养需要。