户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。
还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。
如果当事人有《出生医学证明》的，可以以此来证明当事人和父亲之间，存在父子关系；如果当事人出生年代较早，不能提供《出生医学证明》的，当事人可以去户口原籍地的村委、居委等部门，让对方出具证明；
也可以当事人写一份亲子关系证明后，再让户口原籍地的邻居出面佐证；当事人具体可咨询要求提供亲子关系证明的派出所工作人员，依对方的提示办理。
扩展资料
申请户籍证明所需材料
1、《居民身份证》。
2、学生集体户内人员，还须提供学校出具的《学籍证明》；单位集体户、驻沪办、博士后工作站集体户内人员，还需提供加盖单位人事或保卫部门印章的《集体户口个人信息页》复印件。
3、人才交流中心集体户内人员，还需提供人才类“集体户”设立单位审核同意签发的《同意办理户口、身份证事项证明》。
4、社区公共户人员，居住在本市的，提供本市实际居住凭证（《房屋租赁合同登记备案证明》或者《居住核查表》或者实有人口信息登记在户籍地派出所辖区），居住在非本市的，提供在当地居住生活的凭证。
1、如果当事人有《出生医学证明》的，可以用出生证明来证实两者之间的“父子”关系；
2、也可以去要求提供该证明的单位等指定的医院或者其他具有鉴定资质的鉴定机构出具“亲子鉴定证明”来证实双方之间存在的“父子关系”；
2、办理亲子鉴定证明时，当事人及父亲应携带双方的身份证、社保卡等，根据工作人员的提示办理相关的手续（采集血样等）。
当事人可以参照如下办理（包括，但不限于）：
1、去医院测DNA证明；
2、派出所或街道办出具的证明；
3、出生证明。
什么是户口簿：
居民户口簿是我国公民的重要证件，在上学、结婚、领取护照、以及办理很多重要事情时均需使用。
注意事项：
一、居民户口簿具有证明公民身份状况以及家庭成员间相互关系的法律效力，是户口登记机关进行户籍调查、核对的主要依据。户口登记机关工作人员进行户籍调查、核对时，户主或本户成员应主动交验居民户口簿。
二、户主对居民户口簿应妥善保管，严禁私自涂改、转让、出借。如有遗失，须立即报告户口登记机关。
三、居民户口簿登记权属于户口登记机关，其他任何单位和个人不得在簿上作任何记载。
四、本户如有人员增减或者登记事项发生变动，应持居民户口簿到户口登记机关申报登记。
五、全户迁出户口管辖区的，应向户口登记机关缴销居民户口簿。
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