1、主要原料不同
二锅头主要成分是小麦、高粱、玉米等，高粱酒主要成分是高粱。
2、渊源不同
二锅头：清代中期，京师烧酒作坊为了提高烧酒品质，进行了工艺改革。在蒸酒时用作冷却器的称为锡鏊，也称天锅。蒸酒时，需将蒸馏而得的酒汽，经第一次放入锡锅内的凉水冷却而流出的“酒头”和经第三次换入锡锅里的凉水冷却而流出的“酒尾”提出做其它处理，因为第一锅和第三锅冷却的酒含有多种低沸点的物质成分，味道较杂，所以酒厂只摘取味道醇厚的经第二次换入锡锅里的凉水冷却而流出的酒，故起名为“二锅头”。
吉林高粱酒的酿造源自于金代，兴于清宫廷。相传吉林高粱酒原是金国宰相完颜希尹家族用酒，当时，称相府酒。金天德元年（1149年），金海陵王完颜亮称帝，年号为天德元年，完颜希尹之孙——完颜守道为彰显天子之德，盛世之和，将家酒酿造扩大规模，建立了“天德盛烧锅”，烧制天德盛高粱酒，与民同饮，并远销其他地区。
扩展资料：
高粱酒的历史文化：
吉林高粱酒是吉林市独有的自然因素和人文因素综合条件下的产物。它随着天时、地利、人和三大条件的具备应运而生，且酿造过程遵行中国传统文化中五行物质观，金（铜制烧锅蒸馏出酒）木（木酒海储存老熟）水（地下自涌优质泉水酿制）火（入甑锅烧制工艺）土（优质黑土地天成全球黄金高粱产区）五大要素缺一不可，循其相辅相生的自然规律和谐运作，代代传承，历经800多年，始终保持优于其它同类产品的上乘品质。
吉林市是东北著名的古城，已有300多年建城史，文化底蕴丰厚。据史料记载，隋唐时期，吉林境内已有女真人先世靺鞨人居住，在白山黑水间，打渔狩猎，兼种杂粮（高粱）。因北方冬季寒冽，为驱寒取暖，活血舒筋，靺鞨人较早掌握了粮谷酿酒的技术，饮酒逐渐成为当时社会的一种嗜好，后又演变成一种民俗，每有迎神祭祖和年节盛会，必饮酒唱歌，一醉方休。
参考资料来源：百度百科-高粱酒
参考资料来源：百度百科-二锅头
顾名思义，“二锅头”就是原材料在经过第二锅烧制时的“锅头”酒，这酒最为纯正、无异味、浓度虽高却不烈，真的醇厚绵香。如果只取60度的酒，并把它装坛密封于地下，经过长时间醇化，那样的酒就更好喝了，就是有名的“窖酒”了。二锅头制造的原材料里有小麦、高粱、玉米等等，还有辅料，如玉米秸、玉米核、麦麸子和米糠等等，广义上讲是高粱酒的一种。